- De senatus populique Romani actis. Leipzig 1859 (Habilitationsschrift) Google
- Relief eines römischen Kriegers im Museum zu Berlin. In: Programm zum Winckelmannsfeste der Archäologischen Gesellschaft zu Berlin, 26. Berlin 1866 UB Heidelberg
- Augustus, Marmorstatue des Berliner Museums. In: Programm zum Winckelmannsfeste der Archäologischen Gesellschaft zu Berlin, 28. Berlin 1868 UB Heidelberg
- Inscriptiones Hispaniae christianae. Bd. 1, Berlin 1871 Google-USA*; Internet Archive
- Bildnis einer Römerin. Marmorbüste des Britischen Museums. In: Programm zum Winckelmannsfeste der Archäologischen Gesellschaft zu Berlin, 33. Berlin 1873 UB Heidelberg
- Grundriss zu Vorlesungen über die Geschichte und Encyklopädie der classischen Philologie. Berlin 1876 Google-USA*, Internet Archive
- Grundriss zu Vorlesungen über die römische Litteraturgeschichte. Vierte vermehrte Auflage, Berlin 1878 Google-USA*, Internet Archive
- Über mechanische Copieen von Inschriften. Berlin 1881
- Grundriss zu Vorlesungen über die griechische Syntax. Berlin 1883 Google-USA*, Internet Archive, Google-USA*, Google-USA*
- Bibliographie der klassischen Alterthumswissenschaft. Grundriss zu Vorlesungen über die Geschichte und Encyklopädie der klassischen Philologie. Zweite vermehrte Auflage, Berlin 1889 Google-USA*, Internet Archive
- Monumenta linguae Ibericae. Berlin 1893 Internet Archive
- Römische Herrschaft in Westeuropa. Berlin 1896 Google-USA* = Internet Archive
- Die römischen Heeresabtheilungen in Britannien. In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 11 (1857), S. 1–57 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
- Die römischen Legaten von Britannien. In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 12 (1857), S. 46–83 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
- Nachträge und Berichtigungen zu dem Aufsatze "über die römischen Heeresabtheilungen in Britannien" (Bd. XI.). In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 12 (1857), S. 84–98 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
- Römische Bleigruben in Britannien. In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 12 (1857), S. 347–371 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
- Beiträge zu den römischen Inschriften in Britannien. In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 14 (1859), S. 347–366 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
- Inschriften von Carmona; Trigueros und Franco, zwei spanische Inschriftensammler. In: Rheinisches Museum für Philologie. Band 17 (1862), S. 228–268 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
- Römische Siegel, in: Hermes 1 (1866), S. 136–142 DigiZeitschriften
- Drei hispanische Völkerschaften, in: Hermes 1 (1866), S. 337–342 DigiZeitschriften
- Ornamenta Muliebria, in: Hermes 1 (1866), S. 345–360 DigiZeitschriften
- Cornelius Bocchus, in: Hermes 1 (1866), S. 397 DigiZeitschriften
- Inschrift von Astorga, in: Hermes 1 (1866), S. 437 DigiZeitschriften
- Zu Tacitus Agricola, in: Hermes 1 (1866), S. 438–448 DigiZeitschriften
- Inschrift aus Africa, in: Hermes 2 (1867), S. 153–156 DigiZeitschriften
- Antike Sturmwidder, in: Hermes 2 (1867), S. 450–453 DigiZeitschriften
- Egelesta, in: Hermes 2 (1867), S. 456–457 DigiZeitschriften
- Ein Decret des L. Aemilius Paulus, in: Hermes 3 (1869), S. 243–260 DigiZeitschriften
- Ein Pactum Fiduciae, in: Hermes 3 (1869), S. 283–289 DigiZeitschriften
- Zu den antiken Sturmwiddern, in: Hermes 3 (1869), S. 316 DigiZeitschriften
- Grabschrift aus westgothischer Zeit, in: Hermes 4 (1870), S. 284–290 DigiZeitschriften
- Consonantenverdoppelung in der Schrift, in: Hermes 4 (1870), S. 413–415 DigiZeitschriften
- Ein neuer Gastfreundschaftsvertrag aus Spanien, in: Hermes 5 (1871), S. 371–378 DigiZeitschriften
- Zu den antiken Sturmwiddern, in: Hermes 8 (1874), S. 234–237 DigiZeitschriften
- Namphamo, in: Hermes 8 (1874), S. 238 DigiZeitschriften
- Quolonia, in: Hermes 8 (1874), S. 238–239 DigiZeitschriften
- Über den Namen des Arminius, in: Hermes 10 (1876), S. 393–407 DigiZeitschriften
- Das römische Heer in Britannien, in: Hermes 16 (1881), S. 513–584 DigiZeitschriften
Alle auf Wikisource verfügbaren RE-Artikel von Emil Hübner
