Primae rationalismi et supranaturalismi historiae capita potiora: commentatio historico-theologica. Tubingae 1827–1828 UB Tübingen
Festum Christi natal. a. 1829 ... pie celebrandum indicit Facultatis Evangelico-Theologicae Collegium interprete D. Ferd. Christ. Baur : Inest commentatio de orationis, habitae a Stephano Act. cap. VII., consilio, et de protomartyris huius in Christianae rei primordiis momento : Adduntur critica quaedam de loco Act. XXI.20. Tübingen 1829 MDZ München
Feier des dritten Säkularfestes der Uebergabe der Augsburgischen Confession auf der Universität Tübingen. Predigt. Tübingen 1830 UB Tübingen
Festum paschale a. 1831 in Academia Tubingensi pie celebrandum indicit Facultatis Evangelico-Theologicae Collegium interprete D. Ferd. Christ. Baur : Inest commentatio de Ebionitarum origine et doctrina ab Essenis repetenda. Tübingen 1831 MDZ München = Google
Epistola gratulatoria ad D. Theophilum Jacobum Planck : in alma Gotting. Univ. Professorem Theol. Primar. ... Idibus maii anni vitae L. per annos publicis in muneribus peractae solennia celebrantem : Addita est brevis disquisitio in Andreae Osiandri de iustificatione doctrinam, ex recentiore potissimum theologia illustrandam. Tubingae 1831 MDZ München
Apollonius von Tyana und Christus, oder das Verhältniß des Pythagoreismus zum Christenthum. Fues, Tübingen 1832 Internet Archive = Google, MDZ München = Google
Der Gegensatz des Katholicismus und Protestantismus nach den Principien und Hauptdogmen der beiden Lehrbegriffe. Mit besonderer Rücksicht auf Herrn Dr. Möhler’s Symbolik. Fues, Tübingen 1834 UB Tübingen, 2. vermehrte Auflage, 1836 Internet Archive = Google, UB Tübingen
Erwiederung auf Herrn Dr. Möhler’s neueste Polemik gegen die protestantische Lehre und Kirche in der Schrift: Neue Untersuchung der Lehrgegensätze zwischen den Katholiken und Protestanten. Fues, Tübingen 1834 Internet Archive = Google
Festum pentecostes anno MDCCCXXXIV. in Academia Tubingensi pie celebrandum publico nomine indicit Facultatis Evangelico-Theologicae Collegium, interprete D. Ferdinando Christiano Baur : Comparatur Eusebius Caesariensis, historiae ecclesiasticae parens, cum parente historiarum, Herodoto Halicarnassensi. Tübingen 1834 MDZ München = Google
Thomas M’Crie: Geschichte der Ausbreitung und Unterdrückung der Reformation in Spanien im 16. Jahrhunderte. Aus dem Englischen übers. und mit Anmerkungen begleitet von Gustav Plieninger. Nebst einer Vorrede von Dr. F. C. Baur. Brodhag, Stuttgart 1835 MDZ München = Google
Die sogenannten Pastoralbriefe des Apostels Paulus aufs neue kritisch untersucht. Cotta, Stuttgart und Tübingen 1835 Internet Archive = Google, MDZ München = Google
Abgenöthigte Erklärung gegen einen Artikel der evangelischen Kirchenzeitung. Fues, Tübingen 1836 MDZ München = Google
Die christliche Lehre von der Versöhnung in ihrer geschichtlichen Entwicklung von der ältesten Zeit bis auf die neueste. Osiander, Tübingen 1838 Internet Archive = Google
Ueber der Ursprung des Episcopats in der christlichen Kirche. Prüfung der neuestens von Hrn. Dr. Rothe aufgestellten Ansicht. Fues, Tübingen 1838 Internet Archive = Google
Die christliche Lehre von der Dreieinigkeit und Menschwerdung Gottes in ihrer geschichtlichen Entwicklung. 3 Bände. Osiander, Tübingen 1841–1843
Teil 2: Das Dogma des Mittelalters. 1842 ONB = Google
Teil 3: Die neuere Geschichte des Dogma, von der Reformation bis auf die neueste Zeit. 1843 Internet Archive = Google, ONB, Google
Paulus, der Apostel Jesu Christi. Sein Leben und Wirken, seine Briefe und seine Lehre. Ein Beitrag zu einer kritischen Geschichte des Urchristentums. Becher & Müller, Stuttgart 1845 Internet Archive = Google
Der Kritiker und der Fanatiker, in der Person des Herrn Heinrich W. J. Thiersch. Becher, Stuttgart 1846 Internet Archive = Google
Kritische Untersuchungen über die kanonischen Evangelien, ihr Verhältniß zu einander, ihren Charakter und Ursprung. Fues, Tübingen 1847 MDZ München = Google
Lehrbuch der christlichen Dogmengeschichte. Becker, Stuttgart 1847 MDZ München = Google, 2. neu bearbeitete und erweiterte Ausgabe, Fues, Tübingen 1858 MDZ München = Google
Die Ignatianischen Briefe und ihr neuester Kritiker. Eine Streitschrift gegen Herrn Bunsen. Fues, Tübingen 1848 MDZ München = Google
Das Markusevangelium nach seinem Ursprung und Charakter. Nebst einem Anhang über das Evangelium Marcion’s. Fues, Tübingen 1851 Internet Archive = Google, Internet Archive = Google
Das Christenthum und die christliche Kirche der drei ersten Jahrhunderte. Fues, Tübingen 1953 Internet Archive = Google
An Herrn Dr. Karl Hase. Beantwortung des Sendschreibens "Die Tübinger Schule". Fues, Tübingen 1855 (Antwort auf Karl Hase: Die Tübinger Schule. Ein Sendschreiben. Leipzig 1855 UB Tübingen) MDZ München = Google, UB Tübingen
Ansprache im evangelisch-theologischen Seminar und beim Eintritt der Blaubeurer Promotion. Mohr, Tübingen und Leipzig UB Tübingen
Die Tübinger Schule und ihre Stellung zur Gegenwart. Fues, Tübingen 1859 MDZ München = Google, 2., neu durchgesehene und mit einigen Zusätzen vermehrte Auflage 1860 UB Tübingen
Geschichte der christlichen Kirche, von der Entstehung bis auf die neueste Zeit. 5 Bände. Fues, Tübingen 1853–1863
Vorlesungen über neutestamentliche Theologie. Fues, Leipzig 1864 Internet Archive
Vorlesungen über die christliche Dogmengeschichte. Das Dogma der alten Kirche. 1: Von der apostolischen Zeit bis zur Synode in Nicäa. Hrsg. von Ferd. Fr. Baur. Fues, Leipzig 1865 MDZ München = Google
Drei Abhandlungen zur Geschichte der alten Philosophie und ihres Verhältnisses zum Christenthum. Neu hrsg. von Eduard Zeller. Fues, Leipzig 1876 (Apollonius von Tyana und Christus – Das Christliche des Platonismus oder Sokrates und Christus – Seneca und Paulus) Internet Archive
Über die geschichtliche Bedeutung der fünfundzwanzig Jahre 1816–1841. Rede 31. Oktober 1841. Tübingen 1877 UB Tübingen
Eduard Zeller: Ferdinand Christian Baur. In: Vorträge und Abhandlungen geschichtlichen Inhalts. Fues, Leipzig 1865, S. 354–431 Internet Archive
Wilhelm Dilthey (Pseudonym: Wilhelm Hoffner): Ferdinand Christian Baur. In: Westermanns Monatshefte. September 1865, S. 581–599 Google, auch in: Wilhelm Dilthey: Gesammelte Schriften. Band 4. Leipzig 1921, S. 403–432 Gallica
Möhler, Johann Adam: Neue Untersuchungen der Lehrgegensätze zwischen den Katholiken und Protestanten: Eine Vertheidigung meiner Symbolik gegen die Kritik des Herrn Professors Dr. Baur in Tübingen, Mainz, 1834 UB Tübingen
Friedrich Ueberweg: Die deutsche Philosophie des neunzehnten Jahrhunderts und der Gegenwart. Völlig neubearbeitet von Traugott Konstantin Oesterreich. Mittler, Berlin 1923, S. 203, 695 Internet Archive
