- Analecta Theophrastea, Bonner Dissertation, Leipzig 1858 Google
- Alexandri Aphrodisiensis quae feruntur problematorum liber III et IIII, Berlin 1859
- De scholiis Horatianis commentatio, Bern 1863 Internet Archive
- Scholia in Lucani bellum civile, Band 1: Leipzig 1869 Google, Google
- Anecdoton Holderi. Ein Beitrag zur Geschichte Roms in ostgothischer Zeit, Bonn 1877 Google-USA*
- Legenden der Pelagia. Festschrift für die XXXIV. Versammlung Deutscher Philologen und Schulmänner zu Trier im Auftrag der Rheinischen Friedrich-Wilhelms-Universität zu Bonn, Bonn 1879 Google-USA*
- De Stephano Alexandrino, Bonn 1880
- Acta S. Marinae et S. Christophori, Bonn 1886 Google-USA*
- Altgriechischer Versbau. Ein Versuch vergleichender Metrik, Bonn 1887 Google-USA*
- Epicurea, Leipzig 1887 Google-USA*, Internet Archive
- Religionsgeschichtliche Untersuchungen, Bonn 1889–1899
- Teil 1: Das Weihnachtsfest, Bonn 1889 Google-USA*
- Teil 2: Christlicher Festbrauch: Schriften des ausgehenden Mittelalters, Bonn 1889
- Teil 3: Die Sintfluthsagen, Bonn 1899 Google-USA*
- Götternamen. Versuch einer Lehre von der religiösen Begriffsbildung, Bonn 1896 Google-USA*
- Dreiheit. Ein Versuch mythologischer Zahlenlehre, Bonn 1903
- Keraunos. Ein Beitrag religiöser Begriffsgeschichte, Bonn 1904 Internet Archive
- Der Heilige Tychon, Leipzig 1907 Google-USA*, Google-USA*
- Vorträge und Aufsätze, Leipzig 1907 Google-USA*. Zweite unveränderte Auflage, Leizpig/Berlin 1914 Internet Archive
- Kleine Schriften, vier Bände, Leipzig 1912–1914
- Band 1 (1912): Arbeiten zur griechischen Philosophie und Rhetorik, grammatische und textkritische Beiträge Google-USA* = Internet Archive
- Band 2 (1913): Arbeiten zur lateinischen Sprache und Literatur
- Band 3 (1914): Arbeiten zur griechischen Literaturgeschichte, Geschichte der Wissenschaften, Epigraphik. Chronologie
- Band 4 (1913): Arbeiten zur Religionsgeschichte Google-USA* = Internet Archive
Artikel in der Allgemeinen Deutschen Biographie [Bearbeiten]
Alle ADB-Artikel von Hermann Usener
- Gesammelte Abhandlungen von Jacob Bernays, 1885 Google-USA*