Die jetzige Universitätskirche wurde von den Jesuiten auf der Stelle eines ehemals dem Karthäuserkloster St. Johannisberg gehörigen Anwesens wahrscheinlich zwischen 1630 und 1640 erbaut. Im Jahre 1778 ging die Kirche, auf welche die vorderösterreichische Regierung nach Aufhebung des Jesuitenordens Eigenthumsansprüche erhoben hatte, durch Schenkung Maria Theresia’s in den Besitz der Universität über; in der Urkunde bestimmte die Kaiserin, dass die Kirche, welche vordem Collegiumskirche und Kirche »zur unbefleckten Empfängniss« genannt wurde, Universitätskirche heissen und dass darin der academische und der Gymnasialgottesdienst gehalten werden solle. Im Jahre 1783 wurde dann auf Veranlassung Kaiser Joseph’s II. die Kirche mit dem Collegiumsgebäude dem Religionsfonds zur Errichtung eines Generalseminars unentgeltlich überlassen.
Nach Aufhebung dieses Seminars wies sie Kaiser Leopold II. der Hochschule als Eigenthum wieder zu. Im Jahre 1813 beschloss der academische Senat, die ohnehin wenig besuchte Kirche als Bibliothekgebäude zu verwenden, allein zunächst wurde sie jetzt während der Befreiungskriege als Militär-Magazin in Gebrauch genommen. Nach dem Friedensschlusse regte man von verschiedenen Seiten die Wiederherstellung der Kirche an, doch sollten die entsprechenden Arbeiten auf Kosten der Regierung und nicht der Universität ausgeführt werden, weil es sich hauptsächlich um Kriegsbeschädigungen handelte. Die Universität erhielt nun aus der Kreiskriegskasse eine Entschädigung
: Freiburg im Breisgau. Die Stadt und ihre Bauten. H. M. Poppen & Sohn, Freiburg im Breisgau 1898, Seite 371. Digitale Volltext-Ausgabe bei Wikisource, URL: https://de.wikisource.org/w/index.php?title=Seite:Freiburg_Bauten_371.jpg&oldid=- (Version vom 29.12.2016)
