Annales Reinhardsbrunnenses / Namens des Vereines für thüringische Geschichte und Alterthumskunde zum Ersten Mal hrsg., Frommann, Jena 1854 (Thüringische Geschichtsquellen ; Bd. 1) [Benediktiner-Kloster Reinhardsbrunn] MDZ München, Internet Archive = Google, Internet Archive = Google
Nikolaus von Siegen: Chronicon ecclesiasticum Nicolai de Siegen O.S.B. / Namens des Vereines für thüringische Geschichte und Alterthumskunde zum Ersten Mal hrsg. Jena 1855 (= Thüringische Geschichtsquellen ; Bd. 2) Google, Google (Scan unvollständig)
Arnold von Selenhofen, Erzbischof von Mainz (1153–1160.) Jena 1855 MDZ München = Google
Der Hof zum Grafen-Eckard zu Wirzburg und Graf Eckard. Mit urkundlichen Beilagen. Würzburg 1860 MDZ München = Google
Fürstbischof Gerhard und der Städtekrieg im Hochstift Wirzburg. Nördlingen 1861 Google
Monumenta Eberacensia / Namens des historischen Vereins für Unterfranken und Aschaffenburg hrsg., Beck, Nördlingen 1863 [Zisterzienser-Abtei Ebrach] MDZ München = Google, Internet Archive = Google
Die Reformation der Universität Würzburg. Festrede zur Jahresfeier der Stiftung der Julius-Maximilians-Universität am 2. Januar 1863. Würzburg 1863 MDZ München = Google
Zur Literatur und Kritik der Fränkischen Necrologien. Nördlingen 1864 MDZ München = Google
Historisches Album der Stadt Würzburg. Zweiunddreissig photographische Ansichten. Würzburg 1867 UB Würzburg
Friedrich der Freidige, Markgraf von Meißen, Landgraf von Thüringen, und die Wettiner seiner Zeit : 1247 - 1325; ein Beitrag zur Geschichte des deutschen Reiches und der wettinischen Länder; Nördlingen: Beck 1870. - VII, 466 S. Google
Aventin / [mit Abb. nach] Zeichnungen von Peter Halm und Toni Grubhofer, Buchner, Bamberg 1890 (= Bayerische Bibliothek / begr. u. hrsg. von Karl von Reinhardstoettner u. Karl Trautmann ; 10) Google-USA*
Jacob Burckhardt: 115 Excerpte aus Franz Xaver von Wegele: Wilhelm von Grumbach (1503–1567), 1859, Jacob Burckhardt-Archiv, Staatsarchiv Basel-Stadt, Bestand PA 207a
Anonym: Die Idee des Göttlichen in der Wissenschaft und die sogenannte freie Wissenschaft oder Stiftung und Reformation der Universität Würzburg. Kritische Beleuchtung der von den HH. Professoren Dr. Hettinger und Dr. Wegele in Würzburg zur Stiftungsfeier der Julius-Universität in den Jahren 1862 und 1863 gehaltenen Festreden. Bamberg 1863 MDZ München = Google
Victor Bayer: Wegele, Franz Xaver von. In: Biographisches Jahrbuch und deutscher Nekrolog / Unt. ständiger Mitw. von … hrsg. von Anton Bettelheim, Bd. 2, Vom 1. Januar bis 31. December 1897, Reimer, Berlin 1898, S. 375–383 Google-USA* = Internet Archive, Google-USA* = Internet Archive
Alfred Wendehorst: Franz Xaver von Wegele. In: Fränkische Lebensbilder, Bd. 7, Degener, Neustadt an der Aisch 1977, S. 222–240
Jürgen Petersohn: Franz Xaver Wegele und die Gründung des Würzburger Historischen Seminars (1857). Mit Quellenbeilagen, in: Vierhundert Jahre Universität Würzburg : eine Festschrift / im Auftr. der Bayer. Julius-Maximilians-Univ. hrsg. von Peter Baumgart, Degener, Neustadt an der Aisch 1982 (Quellen und Beiträge zur Geschichte der Universität Würzburg ; 6), S. 483–537, ISBN 3-7686-9062-8