Kloster, die übrigen hatten sich zerstreut. Bald mußte er wieder flüchten. Denn 6 mal wurde das Kloster 1647 ausgeplündert. Am 9. Juli erschienen 25 Reiter, die Mönche ließen sich über die Mauer hinab, der Abt versteckte sich unter dem Kirchengewölbe und entfloh dann am andern Morgen. Am 17. August kam eine neue Schaar von 125 französischen Reitern. Der Abt mit einem Pater verbargen sich im nahen Wald. Als die Feinde am 8. September abgezogen waren, fand man das Kloster nahezu unbewohnbar, alles Hausgeräthe war zerschlagen. Darnach folgten die Kaiserlichen und die Baiern.
Das Jahr 1648 brachte noch 5 mal Einquartierung ins Kloster. Die hart ausgesogenen Unterthanen in mehreren Dörfern wurden schwierig, gaben sich aber zur Ruhe, nachdem der Erzbischof von Mainz einige Schulzen hatte absetzen lassen. Dagegen entstand im Kloster selbst heftiger Streit, als Abt Christoph Haan am 31. Juli vom Erzbischof von Mainz den Auftrag erhalten, Kloster Eberbach im Rheingau, dem die Säkularisation drohte, wieder herzustellen, und dorthin abgieng, während Schönthal selbst nur von 6–7 Mönchen besetzt war und die übrigen Religiosen erst allmählich wiederkehrten. Der geschäftstüchtige, energische Diemer hatte die einstweilige Leitung des Klosters übernommen. Bei einer Visitation am 31. Oktober 1648 verlangte der Konvent, Abt Christoph solle abdanken. Es gab lange Verhandlungen mit dem Kapitel in Cisterz. Endlich 1651 kehrte Abt Christoph, der seine Aufgabe in Eberbach gelöst und dort Balthasar Bundt als Abt eingesetzt hatte, nach Schönthal zurück, und übernahm die Leitung des Klosters, das er mächtig hob und finanziell sehr günstig stellte, wie er denn auch das Rittergut Aschhausen erwarb. Ebenso war er auf theologische Bildung seiner Konventualen bedacht und ließ dazu 1655 einen Dr. der Theologie aus Bamberg kommen. Noch einmal mußte er die Schrecken des Kriegs über das Kloster hereinbrechen sehen, als Ludwig IV. 1672 den zweiten niederländischen Krieg begann. Schon Ende 1672 wurden die Urkunden und Kleinodien des Klosters nach Heilbronn und dann nach Ulm geflüchtet. Als Turennes Schaaren 1673 im September das Tauberthal überschwemmten, floh der Abt mit dem Prior nach Hall und von da nach Heilbronn. Das ganze Kloster war angefüllt mit geflüchteten Landleuten und Wachen. Die Umgegend wurde von den Franzosen furchtbar verwüstet (Bier. Taufbuch).
Am 11. Oktober flohen fast alle Mönche in nächtlicher Stunde. Aber als Montecuculi mit seinem Heere nahte, flohen die Franzosen eiligst an den Rhein. Am 31. Oktober konnte Abt Christoph wieder heimkehren und starb am 20. November 1675 an der Wassersucht.
Unter seinem Nachfolger Franz Kraft (von Altdorf bei Weingarten) machten die geistlichen Herrschaften der Nachbarschaft, Mainz und Würzburg, dem Kloster viel zu schaffen. Mainz suchte die volle Oberherrlichkeit über dasselbe zu gewinnen und wollte den nöthigen Schutz nur gegen Anerkennung der Abhängigkeit des Klosters gewähren.
Die langjährige Regierung Abt Benedikt Knüttels (1683–1732) war erfüllt von seinen Bauten, welche das alte Kloster vollständig umwandelten. Von Kriegsnöthen hatte das Kloster außer starken Kontributionen durch die Franzosen 1688 nur 1715 eine Einquartierung von 1500 Husaren unter dem französischen General Hartcourt zu erdulden, dagegen machte Abt Benedikt 1698 eine große Erwerbung durch den
Julius Hartmann und Eduard Paulus der Jüngere: Beschreibung des Oberamts Künzelsau. Kohlhammer, Stuttgart 1883, Seite 802. Digitale Volltext-Ausgabe bei Wikisource, URL: https://de.wikisource.org/w/index.php?title=Seite:Beschreibung_des_Oberamts_Kuenzelsau_II_802.jpg&oldid=- (Version vom 31.7.2018)
