Von den Schicksalen des Klosters ist wenig bekannt, 1280 war der Klosterbau noch nicht vollendet (opere sumptuoso); es wurde ein Ablaß zur Förderung gewährt. 1401 schenkte eine Anna Tötter ihr Haus zu Nördlingen, damit die Nonnen in Kriegszeiten dahin flüchten können; denn es gieng nicht selten, wie etwas später auch, wo das Kloster beim Concil in Constanz Hilfe suchte wider Plünderungen, Brandschatzungen und Verwüstungen. – Eine innere Reformation bewirkte 1465 die Äbtissin Margaretha, Gräfin von Oettingen, und eine neue Klosterordnung wurde a. 1500 entworfen. Im Bauernkrieg lagerte sich eine Bauernschaar drohend in des Klosters nächster Nähe, doch wurde das Äußerste abgewendet. Graf Ludwig XV., der eifrig evangelische Schirmvogt des Klosters, versuchte dasselbe 1543 zu reformiren und stellte einen Pfleger auf, doch gelang es dem Kloster auszuweichen und während das Dorf reformirt wurde, blieb innerhalb der Klostermauern der katholische Kultus, zu dessen Besorgung das Kloster Kaisersheim 3 Conventualen sendete. Kaiser Karl V. erklärte 1546 den Grafen Ludwig in die Acht und übergab den Klosterschutz 1550 seinem eifrig katholischen Sohne Graf Friedrich. Nach dem Passauer Vertrage jedoch mußten zunächst einmal die ökonomischen Vortheile der Schirmvogtei und bald auch diese selbst dem alten Grafen zurückgegeben werden. Im 30jährigen Krieg verschenkte König Gustav Adolf das Kloster an seinen Oberst Sperreuter, dessen Besitz mit der Nördlinger Schlacht zu Ende gieng. Daß auch das Kloster unter den Drangsalen des Kriegs vielfach zu leiden hatte, versteht sich von selber; auch kaiserliche Völker ließen sich durch die heiligen Mauern nicht abhalten und 1639 wollte eine Reiterschaar gewaltsam das Kloster besetzen, dem die Nördlinger zu Hilfe kamen. Nach dem westphälischen Frieden hatte das Kloster eigenmächtig Bayern und Eichstädt zu seinen Conservatoren erbeten. Der Reichshofrath kassirte 1669 diese Verletzung der gräflichen Rechte, jedoch verglich sich Oettingen-Oettingen mit der Äbtissin über die beiderseitigen Rechte und dem Kloster wurde das coëxercitium catholicum innerhalb der Klostermauern neu zugesichert. Auch darf der Kl.-Beichtvater die katholischen Einwohner zu Kirchheim, Jagstheim und Osterholz (des Klosters Hintersaßen) versehen, nur ohne Aufsehen und nach vorhergegangener Anzeige beim evangelischen Pfarrer, dem die jura stolae verbleiben.
Die oben erwähnte Einführung des Nördlinger Schrannenmaßes 1740 erregte große Aufregung unter den Gültpflichtigten, weil sie glaubten, man wolle sie höher anlegen. Äußere Beunruhigung brachte die Annäherung der Franzosen 1796; die meisten Klosterfrauen flüchteten sich zu Verwandten.
Im Reichsdeputations-Hauptreceß wurde das Kloster Kirchheim u. a. dem Fürsten von Oettingen-Wallerstein zugetheilt als Entschädigung
Karl Eduard Paulus: Beschreibung des Oberamts Neresheim. H. Lindemann, Stuttgart 1872, Seite 351. Digitale Volltext-Ausgabe bei Wikisource, URL: https://de.wikisource.org/w/index.php?title=Seite:OberamtNeresheim0351.jpg&oldid=- (Version vom 1.8.2018)
