Inscriptiones regni Neapolitani Latinae, Leipzig 1852 Internet Archive
Inscriptiones confoederationis helveticae latinae. Zürich 1854 (= Mittheilungen der Antiquarischen Gesellschaft in Zürich, Band 10) e-periodica, IA = Google, Google
Römisches Staatsrecht, drei Bände in fünf Teilbänden (= Band 1–3 Mommsen-MarquardtHandbuch der römischen Alterthümer. ← Erste Ausgabe), Leipzig 1871–1888
[mit Otto Jahn:] Twe unn föftig Sprekwörd för Moritz Haupt: up jeden Sündag en; 24. Dez. 1850, herausgegeben von Rudolf Bülck, Marne (Holstein): Altmüller 1927 Commons
Eugippii Vita Severini (= MGH, SS rer. Germ. 26), 1898 MDZ München
Liber Pontificalis. Teil 1 (= MGH, Gesta pontificum Romanorum 1), 1898 MDZ München, Gallica
mit Paul M. Meyer: Theodosiani libri XVI cum constitutionibus Sirmondianis et leges novellae ad Theodosianum pertinentes. Consilio et auctoritate Academiae Litterarum Regiae Borussicae ediderunt Th. Mommsen et Paulus M. Meyer. Accedunt tabulae sex. 2 Bände in 3 Teilen, Berlin 1905. Nachdrucke Berlin 1954, 2000
Römische Urkunden, in: Zeitschrift für geschichtliche Rechtswissenschaft, XV (1850), S. 287–371 MPIER
Die Wiener Fragmente von Ulpian’s Institutionen, in: Zeitschrift für geschichtliche Rechtswissenschaft, XV (1850), S. 372–382 MPIER
Über das römische Münzwesen, in: Abhandlungen der Königl. Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften zu Leipzig, Band 1 (1850), S. 221–338 Internet Archive, Google, SLUB Dresden
Über den Chronographen vom J. 354, in: Abhandlungen der Königl. Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften zu Leipzig, Band 1 (1850), S. 547–668 Internet Archive, SLUB Dresden
Über das thorische Ackergesetz, in: Berichte der Königl. Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften zu Leipzig, Band 2 (1850), S. 89–101 Internet Archive
Das Berliner Liviusfragment nach Mittheilungen von Borghesi. In: Berichte über die Verhandlungen der Königl. Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften zu Leipzig. Philologisch-historische Classe. Band 2 (1850), S. 196–199 Internet Archive
Das Edict Diocletians De pretiis rerum venalium vom J. 301, in: Berichte der Königl. Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften, Band 3 (1851), S. 1–80 Internet Archive – auch als Sonderdruck
Die Unteritalien betreffenden Abschnitte der ravennatischen Kosmographie, in: Berichte der Königl. Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften zu Leipzig, Band 3 (1851), S. 80–117 Internet Archive
Über den Verfall des römischen Münzwesens in der Kaiserzeit, in: Berichte der Königl. Sächsischen Gesellschaft der Wissenschaften, Band 3 (1851), S. 180–312 Internet Archive – auch als Sonderdruck
Die nordetruskischen Alphabete auf Inschriften und Münzen. In: Mittheilungen der Antiquarischen Gesellschaft in Zürich. Band 7 (1853), S. 197–260 e-periodica
Die Schweiz in römischer Zeit. In: Mittheilungen der Antiquarischen Gesellschaft in Zürich. Band 9 (1853–1856), II. Abt. S. 1–27 e-periodica
Das römische Gastrecht und die römische Clientel, in: Historische Zeitschrift 1 (1859), S. 332–379 Commons
Die Dynastie von Kommagene. In: Mitteilungen des Deutschen Archäologischen Instituts, Athenische Abteilung. Band 1 (1876), S. 27–39 Internet Archive
Mittheilungen aus Handschriften. In: Archäologisch-epigraphische Mitteilungen aus Österreich-Ungarn. Band 1 (1877), S. 126 UB Heidelberg
Privilegium Militare. Musei Pestinensis. In: Archäologisch-epigraphische Mitteilungen aus Österreich-Ungarn. Band 3 (1879), S. 2–8 UB Heidelberg
Inschrift aus Kostolac (Viminacium). In: Archäologisch-epigraphische Mitteilungen aus Österreich-Ungarn. Band 7 (1883), S. 188–194 UB Heidelberg
Zu den Inschriften aus der Dobrudscha. In: Archäologisch-epigraphische Mitteilungen aus Österreich-Ungarn. Band 8 (1884), S. 248–249 UB Heidelberg
Zu Domaszewski’s Abhandlung über die römischen Fahnen. In: Archäologisch-epigraphische Mitteilungen aus Österreich-Ungarn. Band 10 (1886), S. 1–11 UB Heidelberg
In: Korrespondenzblatt der Westdeutschen Zeitschrift für Geschichte und Kunst. Band 5 (1886)
Procurator tractus Sumelocennensis et tractus translimitani. Valentinians Bauten am Neckar. Nr. 197 S. 260–265 Internet Archive
Cohors I Breucorum in Pfünz und ala nobilis Petriana (?) in Cliburn. In: Korrespondenzblatt der Westdeutschen Zeitschrift für Geschichte und Kunst. Band 6 (1887), Nr. 108 S. 160–164 Internet Archive
In: Korrespondenzblatt der Westdeutschen Zeitschrift für Geschichte und Kunst. Band 7 (1888)
Das Denkmal Chäremon’s von Nysa. In: Mitteilungen des Deutschen Archäologischen Instituts, Athenische Abteilung. Band 16 (1891), S. 101–106 Internet Archive
Inscriptio Apamensis. In: Mitteilungen des Deutschen Archäologischen Instituts, Athenische Abteilung. Band 16 (1891), S. 235–239 Internet Archive
Zur Inschrift von Skaptoparene. In: Mitteilungen des Deutschen Archäologischen Instituts, Athenische Abteilung. Band 16 (1891), S. 279–282 Internet Archive
Inschrift aus Apameia Kibotos. In: Mitteilungen des Deutschen Archäologischen Instituts, Athenische Abteilung. Band 16 (1891), S. 282–284 Internet Archive
Fragment des diocletianischen Edicts aus Gythion. In: Mitteilungen des Deutschen Archäologischen Instituts, Athenische Abteilung. Band 17 (1892), S. 156–157 Internet Archive
Zweisprachige Inschrift aus Arykanda. In: Archäologisch-epigraphische Mitteilungen aus Österreich-Ungarn. Band 16 (1893), S. 93–102 UB Heidelberg
Nachtrag zu S. 93. Band 16 (1893), S. 108 UB Heidelberg
Zu der Inschrift von Tropaea. In: Archäologisch-epigraphische Mitteilungen aus Österreich-Ungarn. Band 17 (1894), S. 114–116 UB Heidelberg
Mit I. H. Mordtmann: Inschriften aus Thessalonike. In: Archäologisch-epigraphische Mitteilungen aus Österreich-Ungarn. Band 17 (1894), S. 117–118 UB Heidelberg
Die Geschichte der Todesstrafe im römischen Staat. In: Cosmopolis. An international monthly review. Band 1 (1896); Nachdruck Internet Archive = Illinois-USA* (=) Illinois-USA*
Inschrift eines Armbandes aus Südrussland. Band 4 (1870), S. 377–380 DigiZeitschriften
Athenische Stiftungsurkunde. Band 5 (1871), S. 129–137 DigiZeitschriften
Die zwei Schlachten von Betriacum im Jahre 69 n. Chr.. Band 5 (1871), S. 161–173 DigiZeitschriften
Sp. Cassius, M. Manlius, Sp. Maelius, die drei Demagogen des 3. und 4. Jahrhunderts der römischen Republik. Band 5 (1871), S. 228–280 DigiZeitschriften
Schauspielerinschriften. Band 5 (1871), S. 303–308 DigiZeitschriften
Die neuen Fragmente der Jahrtafel des latinischen Festes. Band 5 (1871), S. 379–385 DigiZeitschriften
Anmerkungen zu der Inschrift des Salluius Naso. Band 6 (1872), S. 13 DigiZeitschriften
Über die dem Cassius Dio beigelegten Theile der planudischen und der constantinischen Excerpte. Band 6 (1872), S. 82–91 DigiZeitschriften
Inschrift des L. Verginius Rufus. Band 6 (1872), S. 127–128 DigiZeitschriften
Über den kritischen Apparat zum Ammianus. Band 6 (1872), S. 231–242 DigiZeitschriften
Bruchstücke des Johannes von Antiochia und des Johannes Malalas. Band 6 (1872), S. 323–383 DigiZeitschriften
Weiteres über den Apparat zum Ammian. Band 7 (1873), S. 91–101 DigiZeitschriften
Über die Ammianhandschrift des Accursius. Band 7 (1873), S. 171–175 DigiZeitschriften
Die römischen Lagerstädte. Band 7 (1873), S. 299–326 DigiZeitschriften
Altrömische Inschrift in Basel [mit zwei lithographischen Tafeln; Zusatz von F. Ritschl, S. 639–640]. Band 9 (1854), S. 450–461 DFG/Rheinisches Museum (PDF)
Vandalische Beutestücke in Italien. Band 8 (1883), S. 353 DigiZeitschriften
Silberne Schale des Königs Gelimir. Band 11 (1886), S. 630 DigiZeitschriften
Ueber die Acten zum Schisma des Jahres 530. Band 10 (1885), S. 581–585 DigiZeitschriften
Actenstücke zur Kirchengeschichte aus dem Cod. Cap. Novar. 30. Band 11 (1886), S. 361–368 DigiZeitschriften
Ostgothische Studien.
I. Die Consulardatirung des getheilten Reiches. Band 14 (1889), S. 223–249 DigiZeitschriften
II. Der quaestor palatii. III. Die Civilämter. IV. Der römische Senat und die Verwaltung von Rom und Ravenna. V. Das Municipalwesen. VI. Die Militärämter. VII. Die Rangklassen. VIII. Die Hofdienerschaft und das Gefolge. IX. Die Gesetzgebung. X. Die Rechtsstellung der Gothen in Italien. XI. Gesammtergebniss. Band 14 (1889), S. 451–544 DigiZeitschriften
Nachträge zu den Ostgothischen Studien. Band 15 (1890), S. 181–186 DigiZeitschriften
Bemerkungen zu den Papstbriefen der Britischen Sammlung. Band 15 (1890), S. 187–188 DigiZeitschriften
Das römisch-germanische Herrscherjahr. Band 16 (1891), S. 49–65 DigiZeitschriften
Zu den Annales Vedastini. Band 16 (1891), S. 430–431 DigiZeitschriften
August Böckh: Zur Begrüßung der Herren Weber, Parthey und Theodor Mommsen als neu eingetretener Mitglieder der Königlich Preußischen Akademie der Wissenschaften in der öffentlichen Sitzung derselben zur Feier des Leibnizschen Jahrestages am 8. Juli 1858, in: Gesammelte Kleine Schriften 2 (1859), S. 482–486 Google
Commentationes philologae in honorem Theodori Mommseni scripserunt amici, Berlin 1877 Internet Archive
Heinrich Dressel: Verzeichniss der numismatischen Schriften Theodor Mommsens. In: Zeitschrift für Numismatik. Band 24 (1904), S. 372–376 IA = Google-USA*
Karl Zangemeister: Theodor Mommsen als Schriftsteller: Ein Verzeichnis seiner Schriften. Im Auftrage der königlichen Bibliothek bearbeitet und fortgesetzt von Emil Jacobs. Weidmann, Berlin 1905 Internet Archive
Vgl. die Neubearbeitung dieser Gesamtbibliographie (nicht online verfügbar): Karl Zangemeister: Theodor Mommsen als Schriftsteller: Ein Verzeichnis seiner Schriften. Im Auftrage der königlichen Bibliothek bearbeitet und fortgesetzt von Emil Jacobs. Neu bearbeitet von Stefan Rebenich. Weidmann, Hildesheim 2000, ISBN 3-615-00217-2.