Афонин, Матвей Иванович, публичный ординарный профессор натуральной истории и земледелия в Московском университете, родился в 1739 г., ум. в Николаеве в 1810 г. Происходя из дворянской семьи, Афонин первое образование получил дома, а затем поступил в дворянскую гимназию Московского университета и в продолжении всего курса обнаруживал замечательные способности и большое прилежание. Сверстником его и другом в гимназии был Григорий Александрович Потемкин, в то время еще бедный и нуждавшийся в самом необходимом, и Афонин делился с ним своими карманными деньгами. Так, заметив однажды сильное желание Потемкина иметь сочинение Бюффона, Афонин купил эту книгу и подарил ее другу. В 1758 г. Афонин с отличием кончил курс университета и послан был заграницу для дальнейшего образования. Сначала Афонин и с ним еще два товарища поселились в Кенигсберге, где целый год упражнялись в латинском и немецком языках под руководством ректора Надровского и только после испытания в означенных языках в 1759 г. приняты были в число студентов. Под руководством профессора Иоанна Бука они в течение года и 4 месяцев кончили курс математики, логику, опытную физику и части метафизики: онтологию, космологию и психологию. Об успехах и поведении Афонина с товарищами Клингштедт, которому поручен был надзор за ними, постоянно доносил куратору университета Шувалову. После этого, по распоряжению Шувалова, Афонин и с ним Александр Карамышев отправлены были в Упсальский университет для изучения земледелия и горных наук. Прибыв в Стокгольм, Афонин и Карамышев явились к нашему посланнику, графу Остерману, который дал им рекомендательное письмо к упсальскому профессору древностей Иоанну Ире. В доме этого профессора они и жили во все время пребывания своего в Швеции. В Упсале Афонин слушал зоологию и ботанику у знаменитого Линнея, минералогию у Андрея Тидстрема, химию и металлургию у столь же известного в свое время, как и Линней, Иоанна Готшалка Валлерия. В то же время Афонин изучал шведский и датский языки. По земледелию и луговодству Афонин не имел особого руководителя, а сам старался ознакомиться с этими предметами чтением, практически исследовал почвы, их свойства, способ обработки и удобрения. Таким образом Афонин приобрел весьма хорошие сведения по этим наукам, доказательством чего служит написанная им диссертация: «De usu historiae naturalis in vita communi», изд. в Упсале в 1766 г. Этот труд, посвященный Шувалову и Ададурову, заслужил самые лестные одобрения со стороны Линнея, Валлерия, Ире и Экмана. По возвращении в Москву, Афонин был подвергнут строгому экзамену по натуральной истории, земледелию и экспериментальной физике, а также во французском и немецком языках. После экзамена Афонин был назначен на кафедру зоологии и ботаники экстраординарным профессором, с жалованием по 400 рублей в год (такое же жалованье он получал за границей). Читать лекции Афонин начал с 1 января 1770 года. В том же году поручено ему было преподавание минералогии. Таким образом появилась новая кафедра естественной истории, и первым профессором по этой кафедре был Афонин. На него же возложено было преподавание земледелия — предмета, также совершенно нового. Естественную историю он читал на латинском языке, а земледелие на русском, но большей частью по наблюдениям шведских ученых, вследствие чего его советы не всегда согласовались с условиями русской промышленности. В своих курсах естественной истории Афонин большее внимание обращал на ботанику и зоологию, а минералогия оставалась на заднем плане. В 1774 г. Афонин произведен был в ординарные профессоры и в том же году в публичном собрании университета говорил „похвальное слово Екатерине II“. Спустя два года, в таком же собрании говорено им другое слово на ту же тему. Оба эти сочинения, равно как и составленная им в 1771 г. речь: „О пользе, звании, собирании и расположении чернозему, особливо в хлебопашестве“, написаны довольно тяжелым языком, но обнаруживают громадную эрудицию автора. Постоянное умственное напряжение и неусыпные труды, с какими были сопряжены занятия Афонина за границею и в Москве, сильно истощили его здоровье, так что он не долго мог продолжать лекции и в 1777 г. принужден был оставить университет, к которому всегда был сильно привязан. Благодаря дружбе с Потемкиным, Афонин получил землю в Крыму и поехал туда лечить свою больную грудь. Подружившись с Палласом, он производил вместе с ним агрономические опыты, и о результатах их сообщал в „Трудах Вольного Экономического Общества“, членом которого он состоял. Матвей Иванович до конца жизни не уезжал уже с юга.
Лучшая биография Афонина, составленная Щуровским по неизданным материалам, помещена в «Биографическом словаре профессоров Московского университ.», т. I, стр. 42—49. — Остальные статьи об Афонине, не имеющие самостоятельного значения, указаны в словаре Венгерова.