Reichsunmittelbarkeit und Schutzverhältnisse der ehemaligen Cisterzienserabtei Waldsassen in den drei ersten Jahrhunderten ihres Bestehens. Passau 1886 MDZ München, Internet Archive
Monumenta Germaniae selecta: ab anno 768 usque ad annum 1250.
3. Bändchen, Zeit der Salischen Kaiser. München 1889 MGH (Band 3/4)
4. Bändchen, Zeit Lothars III., Konrads III. und Friedrichs I. München 1890 Internet ArchiveMDZ
Zum Rechtfertigungsschreiber, Gregors VII. an die deutsche Nation vom Sommer 1076. München 1891
Regesten und Urkunden zur Geschichte der Dipoldinger Markgrafen auf dem Nordgau. München 1893 UB Eichstätt-Ingolstadt
Die Landgrafschaft der Leuchtenberger: eine verfassungsgeschichtliche Studie mit anhängenden Regesten und Urkunden. Killinger, München 1893 SLUB Dresden
Die Markgrafschaft und die Markgrafen auf dem bayerischen Nordgau. München 1894 UB Eichstätt-Ingolstadt
Das Mittelalter (= Lehrbuch der Geschichte für die oberen Klassen der Gymnasien, 2. Teil). Buchner, Bamberg 1896 Georg Eckert Institut
Kleine Schriften zur bayerischen Geschichte. 5 Bände, München 1898–1904
Band 1, Das Projekt einer Einigung Deutschlands auf wirtschaftlicher Grundlage a. d. J. 1665 und die sich daran schliessenden wirtschaftspolitischen Verhandlungen zwischen Bayern und Österreich.MDZ München
Band 2, Der Sturz des kurbayerischen Kanzlers Öxl.MDZ München
Band 3, Der Ursprung der Amortisationsgesetzgebung in Bayern.MDZ München
Band 4, Der bayerische Hilfskorps in Kölner Diensten zur Zeit des zweiten Raubkrieges.MDZ München
Band 5, Innere Regierung Bayerns nach dem Dreißigjährigen Kriege.MDZ München
Bayern und Frankreich vornehmlich unter Kurfürst Ferdinand Maria. 2 Bände, München 1900–1903
Bayern und die Gründung des Deutschen Reiches. München 1903
Entwicklungsgeschichte Bayerns. R. Oldenbourg, München 1906–1931
Band 1, Von den ältesten Zeiten bis zum Westfälischen Frieden. 1906 MDZ München
Band 2, Vom Westfälischen Frieden bis zum Tode König Maximilians I. 1. und 2. Auflage, 1912 MDZ München
Band 3, Vom Regierungsantritt König Ludwigs I. bis zum Tode König Ludwigs II. mit einem Ausblick auf die innere Entwicklung Bayerns unter dem Prinzregenten Luitpold, hrsg. von Max Spindler. 1931 MDZ München
Zur Geschichte der bayerischen Schulpolitik im 19. Jahrhundert. München 1912 MDZ München
Ein Jahrhundert bayerischen Verfassungslebens. München 1918 Internet Archive
Sozialismus, soziale Revolution, sozialer Volksstaat. München 1920 MDZ München
Bayern und Deutschland. 3 Bände, München und Berlin 1922–1926
Band 3, Bayern und das preußische Unionsprojekt. 1926
Rheinbundverfassung und bayerische Konstitution. München 1924 MDZ München
König Ludwig I., der zweite Gründer der Ludwig-Maximilians-Universität: Festschrift zur Jahrhundertfeier der Universität. München 1926 UB LMU München (PDF)
mit Georg Laubmann: Denkwürdigkeiten des Grafen Maximilian Joseph v. Montgelas über die innere Staatsverwaltung Bayerns (1799–1817), nebst einer Einleitung über die Entstehung des modernen Staates Bayern von M. Doeberl. München 1908 MDZ München
Ernst Böhmländer: Geheimrat Michael Doeberl. In: Die Oberpfalz. 15 (1921), S. 23–24 UB Regensburg
Dem Andenken Michael Doeberls. Nachrufe in: Zeitschrift für bayerische Landesgeschichte 1. (1928), S. 131–140 MDZ München
Max Spindler: Der bayerische Historiker Michael Doeberl 1861–1928. Festrede zum 100. Stiftungsfest des Corps Germania, gehalten am 22.7.1963. In: Hundert Jahre Corps Germania München. S. 16–22 UB LMU München (PDF)
