Ueber die Historia Miscella, I. XII–XVIII, und den Anonymus Valesianus II. Zwei Quellenuntersuchungen zur Geschichte des untergehenden Römerthums. Druck von David Bürkli, Zürich 1873 (Diss.) Google, Princeton
Die Anfänge des Glaubenskonfliktes zwischen Zürich und den Eidgenossen. 1521–1524. Winterthur 1883 Internet Archive = Google-USA*
Quellenbuch zur Schweizergeschichte. Für Haus und Schule. 2 Bände, Friedrich Schultheß, Zürich 1886–1993
Orte und Zugewandte. Eine Studie zur Geschichte des schweizerischen Bundesrechtes. In: Jahrbuch für schweizerische Geschichte, 13 (1888), S. 1–497 e-periodica
Das eidgenössische Glaubensconcordat von 1525. In: Jahrbuch für schweizerische Geschichte, 14 (1889), S. 261–355 e-periodica
Die Anfänge der Schweizerischen Eidgenossenschaft. Zur sechsten Säkularfeier des ersten ewigen Bundes vom 1. August 1291 verfasst im Auftrag des schweizerischen Bundesrates. Zürich 1891 Internet Archive = Google-USA*, Google-USA*, Google-USA*, Michigan-USA*
Schweizergeschichte für Sekundar-, Real- und Mittelschulen. 2. Auflage, Verlag der Erziehungsdirektion, Zürich 1894 Internet Archive = Google-USA*, Harvard-USA*
mit Jacob Heierli: Urgeschichte des Wallis (= Mitteilungen der Antiquarischen Gesellschaft in Zürich, 24, 3). Zürich 1896 e-periodica
Schulwandkarte zur Geschichte der Schweiz. Die Eidgenossenschaft vor 1798. Bearbeitet von W. Oechsli und A. Baldamus, gezeichnet von Ed. Gaebler. Georg Lang, Leipzig 1897 e-rara.ch
Die Verbündeten und die Schweizerische Neutralität im Jahre 1813. Schultheß, Zürich 1898 California-USA*
Der Fusionsversuch in der Helvetik und sein Ausgang. Beleuchtet durch die Briefe zweier Zürcher. In: Zürcher Taschenbuch, 24 (1901), S. 180–258 Internet Archive
mit Jacob Heierli: Urgeschichte Graubündens mit Einschluß der Römerzeit (= Mitteilungen der Antiquarischen Gesellschaft in Zürich, 26, 1). Fäsi & Beer, Zürich 1903 e-periodica
Geschichte der Schweiz im Neunzehnten Jahrhundert (= Staatengeschichte der neuesten Zeit, 29–30). 2 Bände, S. Hirzel, Leipzig 1903–1913
Geschichte der Gründung des eidg. Polytechnikums mit einer Übersicht seiner Entwickelung 1855–1905. Zur Feier des fünfzigjährigen Bestehens der Anstalt verfasst. Huber, Frauenfeld 1905 Internet Archive = Google-USA*
Der Durchzug der Alliierten durch die Schweiz im Jahre 1813/14 (= Neujahrsblätter der Gesellschaft auf der Chorherrnstube, 70–71. 2 Bände, Fäsi & Beer, Zürich 1907–1908
Zur Niederlassung der Burgunder und Alamannen in der Schweiz. In: Jahrbuch für schweizerische Geschichte, 33 (1908), S. 223–266 e-periodica
Die Gesandtschaft des Marquis de Moustier in der Schweiz : 1823/24. In: Neues Berner Taschenbuch, 19 (1913), S. 1–51 e-periodica
Eine ungedruckte Kriegszeitung vor hundert Jahren. 1813–1815. Beer, Zürich 1915
Briefwechsel Johann Kaspar Bluntschlis mit Savigny, Niebuhr, Leopold Ranke, Jakob Grimm und Ferdinand Meyer. Hrsg. von Wilhelm Oechsli. Huber, Frauenfeld 1915 Michigan-USA*
Die Benennungen der alten Eidgenossenschaft und ihrer Glieder. 1. Teil. In: Jahrbuch für schweizerische Geschichte, 41 (1916), S. 51–230 e-periodica
Die Benennungen der alten Eidgenossenschaft und ihrer Glieder. 2. Teil. In: Jahrbuch für schweizerische Geschichte, 42 (1917), S. 87–258 e-periodica
Aus dem Briefwechsel Paul Usteris mit Naturforschern und Medizinern. Beer, Zürich 1917
Bilder aus der Weltgeschichte. Ein Lehr- und Lesebuch für Gymnasien, Lehrerseminarien und andere höhere Schulen, sowie zum Selbstunterrichte. 7. verbesserte Auflage, Hoster, Winterthur 1919 MDZ München
Zwingli als Stifter unserer Hochschule : Ansprache an der Reformations-Feier der Universität Zürich am 5. Januar 1919 in der Kirche zu St. Peter in Zürich. In: Schweizerische pädagogische Zeitschrift, 29 (1919), S. 25–33 e-periodica
Les cantons suisses et le Valais. Traduction de l’allemand par Etienne Fragnière. In: Annales valaisannes. 1919, S. 119–192 rero.ch
History of Switzerland 1499–1914 (= Cambridge Historical Series, 15). Translated from the German by Eden & Cedar Paul. University Press Cambridge, Cambridge 1922 Internet Archive
[Schlachten zwischen der Eidgenossenschaft und Gegnern vom 14. bis 16. Jahrhundert]. Zu den Seminarien v. Herrn Prof. Öchsli angefertigte Karten. 9 Manuskriptkarten, [191?] Zentralbibliothek Zürich
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