De animalium invertebratorum distributione commentatio. Erlangen 1829 MDZ München
Beiträge zur Kenntniss der warmblütigen Wirbelthiere Amerika’s. [München 1837] MDZ München = Google
Beschreibung eines neuentdeckten Ornithocephalus nebst allgemeinen Bemerkungen über die Organisation dieser Gattung. [München 1837] MDZ München = Google
Fossile Überreste von einem Affen und einigen andern Säugthieren aus Griechenland. [München 1840] MDZ München = Google
Beschreibung einiger neuer Nager, welche auf der Reise des Herrn Hofraths v. Schubert gesammelt wurden mit Bezugnahme auf einige andere verwandte Formen. [München 1840] MDZ München = Google
Beschreibung einiger neuer oder minder bekannter Nager. In: Archiv für Naturgeschichte. 8. Jahrg. 1. Band. Nicolai, Berlin 1842, S. 1–33 Biodiversity Heritage Library
Auseinandersetzung der spezifischen Differenzen, durch welche sich die Hyaena brunnea von der Hyaena striata und crocuta in der Beschaffenheit des Schädels und Gebisses unterscheidet. In: Abhandlungen der mathematisch-physikalischen Classe der Königlich-Bayerischen Akademie der Wissenschaften. München 1843 MDZ München
Andeutungen zur Charakteristik des organischen Lebens nach seinem Auftreten in den verschiedenen Erdperioden. Fest-Rede, gelesen in der öffentlichen Sitzung der kgl. bayer. Akademie der Wissenschaften zu München... am 28. März 1845. Auf Kosten der Akademie, München 1845 Chicago
Johann Christian Daniel Schreber (Herausgeber),fortgesetzt von Andreas Johann Wagner: Die Säugthiere in Abbildungen nach der Natur mit Beschreibungen.
Sechster Theil: Umfassend die sechste und siebente Abtheilung, oder die Ein- und Vielhufer. Das Pferd. Der Elephant. Das Nashorn. Das Flußpferd. Der Tapir. Das Schwein: Nebst Tafel 308 bis 328. 1835 UB Heidelberg
Siebenter Theil: Die Ruderfüßer und Fischzitzthiere. 1847 UB Heidelberg
Tafelband 1: Theil 1 - 3 und Supplement 1 u. 2: Taf. I - CLXV. 1775-1841 UB Heidelberg
Tafelband 2: Theil 4 - 7 und Supplement 3 u. 4: Taf. CLXVI - CCCLXXXIV. 1792-1844 UB Heidelberg
Die Säugthiere in Abbildungen nach der Natur mit Beschreibungen. Johann Christian Daniel von Schreber, fortgesetzt von Andreas Johann Wagner. Supplementbände 1–5, 1840–1855 Biodiversity Heritage Library
Abweisung der von Herrn Professor H. Burmeister zu Gunsten des geologisch-vulkanistischen Fortschrittes und zu Ungunsten der mosaischen Schöpfungsurkunden vorgebrachten Behauptungen. Ein Nachtrag zu meiner Geschichte der Urwelt. Leopold Voß, Leipzig 1845 Google
Die geographische Verbreitung der Säugthiere. [Akademie der Wissenschaften, München]
Die fossilen Ueberreste gavialartiger Saurier aus der Lias-Formation in der k. palaeontologischen Sammlung zu München. Mit 8 Tafeln. 1847 MDZ München = Google
Urweltliche Säugthier-Überreste aus Griechenland. München 1848 MDZ München
Charakteristik der in den Höhlen um Muggendorf aufgefundenen urweltlichen Säugthier-Arten. Verlag der Akademie, München 1851 MDZ München = Google
Beschreibung einer neuen Art von Ornithocephalus nebst kritischer Vergleichung der in der k. palaeontologischen Sammlung zu München aufgestellten Arten aus dieser Gattung. Mit 2 Tafeln. [Verlag der Akademie, München 1851] MDZ München = Google
Beiträge zur Kenntniss der in den lithographischen Schiefern abgelagerten urweltlichen Fische. Verlag der k. Akademie, München 1851 MDZ München
Beiträge zur Unterscheidung der im süddeutschen Lias vorkommenden Arten von Ichthyosaurus. Verlag der k. Akademie, München 1851 MDZ München = Google
Neu-aufgefundene Saurier-Überreste aus den lithographischen Schiefern und dem oberen Jurakalke. Mit 4 Tafeln. Verlag der Akademie, München 1852 MDZ München = Google
Beschreibung einer fossilen Schildkröte und etlicher anderer Reptilien-Ueberreste aus den lithographischen Schiefern und dem Grünsandsteine von Kelheim. Mit drei Tafeln. Verlag der k. Akademie, München 1853 MDZ München
Die fossilen Knochenüberreste von Pikermi in Griechenland Gemeinschaftlich bestimmt u. beschrieben nach d. Materialien, welche durch die von dem Erstgenannten im Winter 1852/3 dortselbst vorgenommenen Ausgrabungen erlangt wurden. In: Abhandlungen der mathematisch-physikalischen Classe der Königlich-Bayerischen Akademie der Wissenschaften. München 1854 MDZ München
Naturwissenschaft und Bibel im Gegensatze zu dem Köhlerglauben des Herrn Carl Vogt, als des wiedererstandenen und aus dem Französischen ins Deutsche übersetzten Bory. S. G. Liesching, Stuttgart 1855 Michigan, Google
Neue Beiträge zur Kenntniss der fossilen Säugthier-Überreste von Pikermi. Verlag der k. Akademie, München 1857 MDZ München = Google
Geschichte der Urwelt, mit besonderer Berücksichtigung der Menschenrassen und des mosaischen Schöpfungsberichtes. 2. vermehrte Auflage. Leopold Voss, Leipzig 1857–1858 Biodiversity Heritage Library
1. Teil: Die Erdveste nach ihrem Felsbaue und ihrer Schöpfungsgeschichte.
2. Teil: Das Menschengeschlecht und das Thier- und Pflanzenreich der Urwelt.
Neue Beiträge zur Kenntniss der urweltlichen Fauna des lithographischen Schiefers. Verlag der Akademie, München
2. Abteilung: Schildkröten und Saurier. Mit 6 Tafeln Abbildungen. 1862 MDZ München = Google
Die fossilen Überreste von nackten Dintenfischen aus dem lithographischen Schiefer und dem Lias des süddeutschen Juragebirges kritisch erläutert. Verlag der Akademie, München 1860 MDZ München = Google
Denkrede auf Gotthilf Heinrich v. Schubert. Gehalten in der öffentlichen Sitzung der K. Bayer. Akademie der Wissenschaften am 26. März 1861. Verlag der k. Akademie, München 1861 MDZ München, MDZ München, Google
Monographie der fossilen Fische aus den lithographischen Schiefern Bayern’s. Verlag der Akademie, München
Carl Friedrich Philipp von Martius: Denkrede auf Joh. Andreas Wagner. Gehalten in der öffentlichen Sitzung am 28. November 1862. Verlag der Akademie, München 1862 MDZ München, MDZ München = Google
