Beiträge zu einer monographischen Bearbeitung der Familie der Emesina. In: Linnaea entomologica. Herausgegeben von dem entomologischen Vereine in Stettin. 14. Band 1862, S. 206 Google und 15. Band 1863, S. 42 Google
Studien zur Embryologie der Arthropoden. Habilitationsschrift. Leipzig: Wilhelm Engelmann, 1868 Google
Untersuchungen über Bau und Entwickelung der Arthropoden
Uber den Bau und die Entwickelung der Cumaceen. In: Jenaische Zeitschrift für Medicin und Naturwissenschaft. 5. Band (1870), S. 54–81 Google
Ueber Entwicklung und Bau der Pycnogoniden. In: Jenaische Zeitschrift für Medicin und Naturwissenschaft. 5. Band (1870), S. 138–157 Google
Die Schalendrüse und die embryonale Entwickelung der Daphnien. In: Jenaische Zeitschrift für Medicin und Naturwissenschaft. 5. Band (1870), S. 277–292 Google
Entwicklung und Organisation von Praniza maxillaris. In: Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie. 20. Band (1870), S. 55–80 Google
Zur Kenntniss des Baues von Paranthura Costana. In: Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie. 20. Band (1870), S. 81–93 Google
Zur Entwicklungsgeschichte der Panzerkrebse. In: Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie. 20. Band (1870), S. 248–271 Google
Zur Kenntniss vom Bau und der Entwickelung von Tanais. In: Jenaische Zeitschrift für Medicin und Naturwissenschaft. 5. Band (1870), S. 293–306 Google
Die Ueberreste des Zoea-Stadiums in der ontogenetischen Entwickelung der verschiedenen Crustaceen-Familien. In: Jenaische Zeitschrift für Medicin und Naturwissenschaft. 5. Band (1870), S. 471–491 Google
Eine neue Naupliusform (Archizoea gigas). In: Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie 20. Band (1871), S. 597–606 Google
Beiträge zur Kenntniss der Malacostraken und ihrer Larven. In: Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie 20. Band (1871), S. 607–626 Google
Zweiter Beitrag zur Kenntniss der Malacostraken und ihrer Larven. In: Zeitschrift für wissenschaftliche Zoologie 21. Band (1871), S. 356–379 Google
Zur Embryologie und Morphologie des Limulus Polyphemus. In: Jenaische Zeitschrift für Medicin und Naturwissenschaft. 6. Band (1871), S. 580–640 Google-USA*
Geschichte des Krebsstammes, nach embryologischen, anatomischen und palaeontologischen Quellen. In: Jenaische Zeitschrift für Medicin und Naturwissenschaft. 6. Band (1871), S. 96–156 Google-USA*
Die Pantopoden des Golfes von Neapel und der angrenzenden Meeres-Abschnitte [=Fauna und Flora des Golfes von Neapel und der angrenzenden Meeres-Abschnitte 3]. Leipzig: Wilhelm Engelmann, 1881 Internet Archive, Internet Archive
Studien zur Urgeschichte des Wirbelthierkörpers. In: Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel
Die unpaare Flosse in ihrer Bedeutung für die Beurtheilung der genealogischen Stellung der Tunicaten und des Amphioxus, und die Reste der Beckenflosse bei Petromyzon. 6. Band (1885), S. 399–432 Internet Archive, Internet Archive = Google-USA*
Spritzlochkieme der Selachier, Kiemendeckelkieme der Ganoiden, Pseudobranchie der Teleostier. 7. Band (1886–87), S. 128–176 Google-USA*
Thyreoidea und Hypobranchialrinne, Spritzlochsack und Pseudobranchialrinne bei Fischen, Ammocoetes und Tunicaten. 7. Band (1886–87), S. 301–337 Google-USA*
Über Nerven und Gefäße bei Ammocoetes und Petromyzon Planeri. 8. Band (1888), S. 233–306 Google
Über die erste Anlage und Entwicklung der motorischen Rückenmarksnerven bei den Selachiern. 8. Band (1888), S. 441–461 Google
Neue Grundlagen zur Beurtheilung der Metamerie des Kopfes. 9. Band (1889–1891), S. 330–434 Google
Über die erste Anlage und Entwicklung der Augenmuskelnerven bei Selachiern und das Einwandern von Medullarzellen in die motorischen Nerven. 10. Band (1891–1893), S. 1–40 Internet Archive = Google-USA*
Nervenfaser und Ganglienzelle. Histogenetische Untersuchungen. 10. Band (1891–1893), S. 255–341 Internet Archive = Google-USA*
Die Occipitalsomite bei verschiedenen Selachier-Embryonen. Thatsächliches. 15. Band (1902), S. 1–82 Internet Archive = Google-USA*
Die Schwannschen Kerne, ihre Herkunft und Bedeutung. Erwiderung an A. von Kölliker. 15. Band (1902), S. 138–186 Internet Archive = Google-USA*
Theoretisches über Occipitalsomite und Vagus. Competenzconflict zwischen Ontogenie und vergleichender Anatomie. 15. Band (1902), S. 186–279 Internet Archive = Google-USA*
Weitere Beiträge zur Beurtheilung der Occipitalregion und der Ganglienleiste der Selachier. 15. Band (1902), S. 555–654
Die Mandibularhöhle der Selachier. 17. Band (1906), S. 1-116 Google-USA*
Die Prämandibularhöhle. 17. Band (1906), S. 116-294 Google-USA*
Bericht über die Zoologische Station während der Jahre 1882–1884. In: Mittheilungen aus der Zoologischen Station zu Neapel. 6. Band (1885), S. 93–148 Internet Archive, Internet Archive = Google-USA*
Theodor Boveri: Anton Dorhn. Gedächtnisrede gehalten auf dem Internationalen Zoologen-Kongreß in Graz am 18. August 1910. Leipzig: S. Hirzel, 1910 Google-USA*
W. Harms: Dorhn, Anton. In: Handwörterbuch der Naturwissenschaften. Zweiter Band. Jena: Gustav Fischer, 1912, S. 1058–1059 Internet Archive