Bericht über die Ergebnisse einer zu wissenschaftlichen Zwecken mit Unterstützung der kais. Akademie der Wissenschaften unternommenen Reise nach Constantinopel. Wien: Karl Gerold’s Sohn, 1878 California-USA*
Die Keil-Inschrift von Aschrut-Darga. Entdeckt und beschrieben von Prof. Josef Wünsch. Publiciert und erklärt von Dr. David Heinrich Müller. Mit einer Tafel, einer Kartenskizze und einem Plane. Wien: Carl Gerold’s Sohn, 1886 Princeton-USA*
Zur Geschichte der semitischen Zischlaute. Eine sprachvergleichende und schriftgeschichtliche Untersuchung. Wien: Alfred Hölder, 1888 California-USA*
Epigraphische Denkmäler aus Arabien. Nach Abklatschen und Copieen des Herrn Professor Dr. Julius Euring in Strassburg. In: Denkschriften der kaiserlichen Akademie der Wissenschaften. Philosophisch-historische Classe. 37. Band (1889), Zweite Abtheilung, S. 1–96 Michigan-USA*
Die altsemitischen Inschriften von Sendschirli in den Königlichen Museen zu Berlin. Text in hebräischer Umschrift, Übersetzung, Commentar, grammatischer Abriss und Vocabular. Wien: Alfred Hölder, 1893 Columbia-USA*
[mit Julius v. Schlosser]: Die Haggadah von Sarajevo. Eine spanisch-jüdische Bilderhandschrift des Mittelalters. Wien, 1898 Internet Archive = Google-USA*
Die südarabische Expedition der kaiserlichen Akademie der Wissenschaften in Wien und die Demission des Grafen Carlo Landberg. Actenmässig dargestellt. Wien und Leipzig: Wilhelm Braumüller, 1899 Michigan-USA*, New York-USA*
Die Mehri und Soqoṭri-Sprache. Wien: Alfred Hölder
Fritz Hommel: Die südarabischen Altertümer (Eduard Glaser Sammlung) des Wiener Hofmuseums und ihr Herausgeber Professor David Heinrich Müller. Offene Darlegung an die kaiserl. österr. Akademie der Wissenschaften. Mit sieben Abbildungen in Zinkotypie und einem längeren Exkurs über den Mondkultus der alten Araber. München: Hermann Lukaschik, 1899 Princeton-USA*
