Scholia Bernensia ad Vergili Bucolica atque Georgica. Edidit, emendavit, praefatus est Hermannus Hagen. Leipzig 1867 HathiTrust
Das Wesentlichste aus den neuen Ergebnissen auf dem Gebiete der lateinischen Orthographie und Orthoëpie. Auf Beschluss des Gymnasiallehrer-Vereins des Kantons Bern vom 15. Februar 1868 für den Schulgebrauch zusammengestellt. Bern 1868
Antike und mittelalterliche Räthselpoesie: Mit Benutzung noch nicht veröffentlichter Quellen aus den Handschriften-Bibliotheken zu Bern und Einsiedeln. Biel 1869 Google, Google = Internet Archive, Google = Internet Archive
Anecdota Helvetica quae ad grammaticam Latinam spectant. Ex bibliothecis Turicensi Einsidlensi Bernensi collecta edidit Hermannus Hagen. Leipzig 1870 Google = Internet Archive
Der Jurist und Philolog Peter Daniel aus Orleans. Bern 1873 Google
Anonymus Bernensis über die Bindemittel und das Coloriren von Initialen. In: Quellenschriften für Kunstgeschichte und Kunsttechnik des Mittelalters und der Renaissance 7, Wien 1874, S. 375-400 Google
Carmina clericorum. Studenten-Lieder des Mittelalters. Supplement zu jedem Commersbuch. Edidit domus quaedam vetus. Supplement zu jedem Commersbuch. Heilbronn 1876 Google = Internet Archive. 3. Auflage 1877
Antike und mittelalterliche Räthselpoesie. Eine populäre Skizze. Bern 1877 MDZ München
Carmina medii aevi maximam partem inedita. Ex bibliothecis Helveticis collecta edidit Hermannus Hagenus. Bern 1877 Internet Archive
Hermanni Hageni De Dosithei magistri quae feruntur glossis quaestiones criticae. Bern 1877 Internet Archive
Hermanni Hageni De codicis Bernensis N. CIX Tironianis disputatio duabus tabulis lithographica arte depictis adjuta. Bern 1880 e-rara.ch
Friedrich Fröbel im Kampf um den Kindergarten. Allerlei Handschriftliches aus Fröbels Briefwechsel. Leipzig 1882 e-helvetica = Internet Archive
Sollemnia anniversaria conditae Universitatis [...]. Insunt Theodulfi episcopi Aurelianensis de iudicibus versus ab Hermanno Hageno recogniti. Bern 1882 Internet Archive
Ueber elementare Ereignisse im Alterthum. Berlin 1884 Internet Archive
Briefe von Heidelberger Professoren und Studenten, verfasst vor dreihundert Jahren. Heidelberg 1886 MDZ München
Professorum atque alumnorum Heidelbergensium epistulae ante hos trecentos et quod excedit annos Bernam missae et ab Hermanno Hageno nunc primum editae. Bern 1886 UB Heidelberg
Appendix Serviana. Leipzig 1902 (Servii Grammatici qui feruntur in Vergilii carmina commentarii 3,2) Internet Archive. Früheres gemeinsam mit Georg Thilo