Die Lehre von der göttlichen Dreieinigkeit nach dem heiligen Gregor von Nazianz, dem Theologen, mit Berücksichtigung der älteren und neueren Darstellungen dieses Dogma. Regensburg 1850 (Dissertation) GoogleIA? = MDZ München, Google@IA = California
De catholicae ecclesiae primordiis. Regensburg 1851 (Habilitationsschrift) GoogleIA? = MDZ München
Trauerrede auf den dahingeschiedenen Herrn Anselm Georg Joseph Debes, gehalten bei dessen feierlicher Beerdigung am 17. März 1863. Würzburg 1863 GoogleIA? = MDZ München
Neue Studien über die Trennung der morgenländischen und der abendländischen Kirche. In: Chilianeum. 5. Band (1864); Separatabdruck: Eine Kritik von Dr. Pichler’s neuestem Geschichtswerk. Würzburg 1864 Internet Archive, GoogleIA? = MDZ München
Photius, Patriarch von Constantinopel. Sein Leben, seine Schriften und das griechische Schisma. Nach handschriftlichen und gedruckten Quellen. 3 Bände, Regensburg 1867/1869
Denkschrift über die an dem Papste und der katholischen Kirche durch die Occupation Rom’s vollbrachte Gewaltthat. Verfaßt im Auftrage der Katholiken-Versammlung in Fulda vom 12. Oktober 1870. Mainz 1871 GoogleIA? = MDZ München
Katholische Kirche und christlicher Staat in ihrer geschichtlichen Entwickelung und in Beziehung auf die Fragen der Gegenwart. Historisch-theologische Essays und zugleich ein Anti-Janus vindicatus. 2 Abteilungen, Freiburg im Breisgau 1872 Internet Archive, GoogleIA? = California; neue, zu allgemeinerem Gebrauche abgekürzte Ausgabe 1873 Internet Archive, GoogleIA? = Michigan; 2. Auflage 1876 GoogleIA? = Harvard
Papst Pius IX. groß in seinem Wirken und in seinem Leiden. Festrede, gehalten am 18. Juni 1876 in feierlicher Versammlung der Katholiken Würzburgs zur Feier des Eintritts Sr. Päpstlichen Heiligkeit in das XXXI. Jahr des glorreichen Pontificates. Würzburg 1876 GoogleIA? = MDZ München
Athanasius der Große. Ein Lebensbild aus dem vierten christlichen Jahrhundert. In: Vereinsschrift der Görres-Gesellschaft für 1876. Köln 1877, S. 1–24 GoogleIA? = MDZ München, GoogleIA? = Columbia
Handbuch der allgemeinen Kirchengeschichte. Freiburg im Breisgau (Theologische Bibliothek 8, 10, 13, 15, 19)
3 Bände, 1. Auflage 1876–[1880] und 2. Auflage 1879–1880
4. Auflage, neu bearbeitet von Johann Peter Kirsch: Joseph Kardinal Hergenröther’s Handbuch der allgemeinen Kirchengeschichte. 1902–1909 HathiTrust, HathiTrust
3. Band 1909: Die Kirche nach dem Zusammenbruch der religiösen Einheit im Abendland und die Ausbreitung des Christentums in den außereuropäischen WeltteilenInternet Archive = Getty-USA*
1. Abteilung (bis S. 434): Vom Anfang des 16. bis zur Mitte des 17. Jahrhunderts
2. Abteilung (ab S. 435): Von der Mitte des 17. Jahrhunderts bis zur Neuzeit
Cardinal Maury. Ein Lebensbild aus dem Ende des vorigen und dem Anfange des jetzigen Jahrhunderts. In: Katholische Studien. 4. Band (1878), S. 141–280; Separatabdruck GoogleIA? = MDZ München, GoogleIA? = Minnesota
Die Rechtsverhältnisse der verschiedenen Riten innerhalb der katholischen Kirche
Einleitung. I. Allgemeine Grundsätze des römischen Stuhles bezüglich der orientalischen Riten. 7. Band (1862), S. 169–200 IA = Google
II. Die Hierarchie der orientalischen Riten und ihre Stellung zum päpstlichen Primate. 7. Band (1862), S. 337–363 IA = Google
III. Der orientalische Regular- und Säcularklerus. Die Seminarien und die Pfarreien der Orientalen. 8. Band (1862), S. 74–97 Google = MDZ München
IV. Die Sakramente, Sakramentalien und andere kirchliche Gebräuche bei den Orientalen. 8. Band (1862), S. 161–200 Google = MDZ München
Spaniens Verhandlungen mit dem römischen Stuhle
Einleitung. I. Die Stellung Spaniens zum römischen Stuhle bis zum Tode Philipps II. II. Rom und Spanien im siebenzehnten Jahrhundert. Die Concordia Facheneti. 10. Band (1863), S. 1–45 Google = MDZ München
III. Die Concordate Spaniens mit Rom unter Philipp V. (1700–1737). 10. Band (1863), S. 185–214 Google = MDZ München
IV. Die Benedictinische Convention von 1753. 11. Band (1864), S. 252–263 Google = MDZ München
V. Die Regierung Karls III. (1759–1788). 11. Band (1864), S. 367–401 Google = MDZ München
VI. Karl IV. Die französische Herrschaft und die Restauration. Ferdinand VII. (1788–1833). 12. Band (1864), S. 46–60 Google = MDZ München
VII. Der Conflict Spaniens mit Rom während der Minderjährigkeit Isabella’s II. (1833–1843). 12. Band (1864), S. 385–430 Google = MDZ München
VIII. Dokumente über den Conflict Spaniens mit Rom während der Minderjährigkeit Isabella’s II. (1833–43). 13. Band (1865), S. 91–106 Google = MDZ München
IX. Die Concordatsverhandlungen von 1844 u. 1845. 13. Band (1865), S. 393–444 Google = MDZ München
X. Documente zu den Concordatsverhandlungen vom Jahre 1845. 14. Band (1865), S. 211–252 Google = MDZ München
XI. Verwerfung des Concordats von 1845. Die neueren Concordate von 1851 und 1859. Die revolutionäre und die katholische Strömung. 15. Band (1866), S. 169–215 Google = MDZ München
Ueber die Betheiligung des Klerus an politischen Fragen. 15. Band (1866), S. 67–84 (Bamberger Pastoralblatt 1864,3. 5. 7. 9) Google = MDZ München
Eine Erstlingsfrucht der Nürnberger Conferenz. = Rezension: Johann Friedrich von Schulte: Die Macht der römischen Päpste (Prag 1871). 25. Band (1871), S. CXVII–CXXXI Google = MDZ München
Eine neue theologische Janusfrucht. = Rezension: Johann Friedrich von Schulte: Das Unfehlbarkeits-Decret vom 18. Juli 1870 (Prag 1871). 25. Band (1871), S. CLXVI–CLXX Google = MDZ München
Φωτίου πατριάρχου λόγος περὶ τῆς τοῦ ἁγίου πνεύματος μυσταγωγίας. Photii Constantinopolitani liber de spiritus sancti mystagogia. Regensburg 1857 Google@IA = Oxford (PDF), GoogleIA? = ÖNB-ABO, GoogleIA? = MDZ München
In: Patrologiae Cursus Completus, Series Graeca. (WP)
In Amphilochia Photii prolegomena. Band 101 (1860), S. 1–20 IA = Google
Nicetas Maroneae Thessalonicensis metropolita: De Niceta ejusque dialogis monitum. Sermones varii in dialogi forma conscripti de processione spiritus sancti. Band 139 (1894), S. 165–222 IA = Google-USA*
Joannis Vecci CP. patriarchae refutatio libri Photii de processione Spiritus sancti. Band 141 (1865), S. 725–864 IA = Google
Band 160 (1866)
Beati Gregorii Constantinopolitani patriarchae et confessoris apologia contra Ephesii confessionem. S. 13–110 IA = Google, Google = Penn State
Marci Ephesini epistola ad omnes orthodoxos. S. 1091–1104 Google = Penn State
Marci Ephesini capita syllogistica adversus Latinos cum responsio Georgii Scholarii et Bessarionis. Band 161 (1866), S. 1–244 Google = Penn State
mit von Bilguer (Hg.), Hugo Gerard Ströhl: Album Pontificale. Die Bildnisse der Päpste nach den Papstmedaillen. Mit einer kurzen Papstgeschichte von Joseph Cardinal Hergenroether, revidiert und ergänzt nach dem heutigen Stande der Wissenschaft (deutsch – französisch). Mönchengladbach 1909 Harvard-USA*