Natur und Gott nach Spinoza, Leipzig 1789. Google, Google
System der Ästhetik, Leipzig 1790.
Betrachtungen über die Philosophie der natürlichen Religion, 2 Bde., Leipzig 1790–1791. Band 1 (1790): Google, Band 2 (1791): Google; 2. Aufl. 1804: Google
Grundsaetze der moralischen Gotteslehre, 1792.
Encyclopaedische Einleitung in das Studium der Philosophie nach den Bedürfnissen unsers Zeitalters, Leipzig 1793.
Originalideen über die interessantesten Gegenstaende der Philosophie. Nebst einem kritischen Anzeiger der wichtigsten philosophischen Schriften, 3 Bde., Leipzig 1793–1796
Band 1 (1793): Originalideen über die kritische Philosophie : Nebst einem pragmatischen Anzeiger der wichtigsten Schriften der philosophischen Litteratur.Google, Google
Aesthetisches Wörterbuch über die bildenden Künste nach Watelet und Levesque. Mit nöthigen Abkürzungen und Zusätzen fehlender Artikel kritisch bearbeitet von K. H. Heydenreich, öffentlicher Professor für Philosophie zu Leipzig. 4 Bände. Leipzig 1793–1795 siehe Enzyklopädien und Lexika
Propaedeutick der Moralphilosophie nach Grundsätzen der reinen Vernunft, 2 Bde., Leipzig 1794. Google
Fragment über die Neutralität der Völker in dem Kriege eines Volkes gegen ein anderes, welches seine Staatsform gänzlich umwandelt. In: Versuch über die Heiligkeit des Staats und die Moralität der Revolutionen, Leipzig 1794.
System des Naturrechts nach kritischen Prinzipien, 2 Bände, Leipzig 1794–1795. Band 2 (1795): Google
Gedichte, Leipzig 1794; erweiterte Ausg. in 2 Bänden 1803.
Grundsätze des natürlichen Staatsrechts und seiner Anwendung, Leipzig 1795.
Philosophisches Taschenbuch für denkende Gottesverehrer, Leipzig 1796–1799.
Beiträge zur Kritik des Geschmacks. Leipzig 1797.
Über Die Durch Gesetzwidrige Wirkung Äusserer Sinne Entstehenden Abergläubischen Täuschungen. Zur Ankündigung seiner im Winterhalbjahre 1797 zu haltenden Vorlesungen, Leipzig 1797.
Ueber Tod, Seelen-Größe im Tode, und Selbstmord. In: André-François Boureau-Deslandes, Miscellaneen über berühmte Männer und Frauen welche bey froher Laune gestorben sind, Leipzig 1797.
Philosophie über die Leiden der Menschheit. Ein Lesebuch für Glückliche und Unglückliche, speculatioven und populairen Inhalts, Leipzig 1797–1799.
Psychologische Entwickelung des Aberglaubens und der damit verknüpften Schwärmerey, Leipzig 1798.
Mann und Weib. Ein Beytrag zur Philosophie über die Geschlechter, Leipzig 1798. Google
Vesta. Kleine Schriften zur Philosophie des Lebens, 5 Bände, Leipzig 1798–1801. Band 1 (1798): Google, Band 2 (1800): Google, Band 3 (1800): Google, Band 4 (1801): Google
Maximen für das gesellige Leben und den Umgang mit Menschen. Ein Taschenbuch für junge Personen, welche Ehre, Nutzen und Vergnügen in der Gesellschaft suchen, Leipzig 1801.
Opfer der weltbürgerlichen Gesinnung und des Patriotismus bey dem Eintritte des neunzeyhnten Jahrhunderts ... : gewidmet von den Bewohnern der Stadt Weißenfels ; nebst einer Denkschrift auf einen bey dieser Gelegenheit verunglückten ... Mann ; als Anhang folgt eine kurze Darstellung des ... Zustandes der Stadt, Weißenfels [1801].
Betrachtungen über die Würde des Menschen im Geist der Kantischen Sitten- und Religionslehre. hrsg. von J. G. Gruber, Leipzig 1802.
Philosophische Gedanken über den Selbstmord freymüthig geprüft von einem seiner Freunde, Weissenfels 1804.
Fragmente für das Gebiet der praktischen Lebens-Philosophie. Aus dem Briefwechsel vertrauter und gefühlvoller Freunde mit dem verstorbenen Professor Karl Heinrich Heydenreich, Leipzig 1805 und 1806.
Gedichte von Karl Heinrich Heydenreich (Etui-Bibliothek der deutschen Classiker, Bd. 15), Aachen 1815. Google