Zur Geschichte der Becherzellen, insbesondere derjenigen der Schleimhaut des Darmcanals. Inaugural-Dissertation, August Hirschwald, Berlin 1868 archive.org
Ueber die ei- oder kugelförmigen sogenannten Psorospermien der Wirbelthiere. Ein Beitrag zur Entwicklungsgeschichte der Gregarinen und zur Kenntniss dieser Parasiten als Krankheitsursache. A. Stuber, Würzburg 1870 archive.org
Zoologische Studien auf Capri. II. Lacerta Muralis Coerulea. Ein Beitrag zur Darwin´schen Lehre. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1874 archive.org
Zoologische Untersuchungen mit besonderer Berücksichtigung der Biologie. Zoologische Untersuchungen, Heft I, Stahel, Würzburg 1874 Google BooksGoogle
Die Medusen physiologisch und morphologisch auf ihr Nervensystem untersucht. H. Laupp, Tübingen 1878 archive.org
Untersuchungen über das Variiren der Mauereidechse, ein Beitrag zur Theorie von der Entwicklung aus constitutionellen Ursachen, sowie zum Darwinismus. Nicolaische Verlags-Buchhandlung, R. Stricker, Berlin 1881 archive.org
Die Entstehung der Arten auf Grund von Vererben erworbener Eigenschaften nach den Gesetzen organischen Wachsens. Ein Beitrag, zur einheitlichen Auffassung der Lebewelt. (3. Bd., Jena und Leipzig, 1888–1901)
Die Entstehung der Arten auf Grund von Vererben erworbener Eigenschaften nach den Gesetzen organischen Wachsens. Ein Beitrag, zur einheitlichen Auffassung der Lebewelt, I. Theil.Gustav Fischer, Jena 1888 archive.org
ins Englische übersetzt durch Joseph Thomas Cunningham (1859–1935): Organic Evolution as the result of the inheritance of acquired characters according to the laws of organic growth, Macmillan & Co., London, 1890 archive.org
Die Entstehung der Arten auf Grund von Vererben erworbener Eigenschaften nach den Gesetzen organischen Wachsens. Ein Beitrag, zur einheitlichen Auffassung der Lebewelt, II. Theil. Orthogenesis der Schmetterlinge. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1897 archive.org
Die Entstehung der Arten auf Grund von Vererben erworbener Eigenschaften nach den Gesetzen organischen Wachsens. Ein Beitrag, zur einheitlichen Auffassung der Lebewelt, III. Theil. Vergleichend-anatomisch-physiologische Untersuchungen über das Skelett der Wirbeltiere. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1901 archive.org
Die Artbildung und Verwandtschaft bei den Schmetterlingen. Eine systematische Darstellung der Abänderungen, Abarten und Arten der Segelfalter-ähnlichen Formen der Gattung Papilio. Text. Gustav Fischer, Jena 1889 archive.org
Die Artbildung und Verwandtschaft bei den Schmetterlingen. Eine systematische Darstellung der Abänderungen, Abarten und Arten der Segelfalter-ähnlichen Formen der Gattung Papilio. Tafeln. Gustav Fischer, Jena 1889 archive.org
Die Artbildung und Verwandtschaft bei den Schmetterlingen. II. Theil. Eine systematische Darstellung der Abänderungen, Abarten und Arten der Schwalbenschwanz-ähnlichen Formen der Gattung Papilio. Text. Gustav Fischer, Jena 1895 archive.org
Die Artbildung und Verwandtschaft bei den Schmetterlingen. II. Theil. Eine systematische Darstellung der Abänderungen, Abarten und Arten der Schwalbenschwanz-ähnlichen Formen der Gattung Papilio. Tafeln. Gustav Fischer, Jena 1895
Carl Benjamin Klunzinger: Theodor Eimer: ein Lebensabriss mit Darstellung der Eimer’schen Lehren nach ihrer Entwicklung. In: Jahreshefte des Vereins für Vaterländische Naturkunde in Württemberg, Jahrgang 55, 1899, Seite 1–22, [1]