Die geheimen Verordnungen der Gesellschaft Jesu, ein Schanddenkmal, welches die feinde der Jesuiten sich selbst wiederholt errichtet haben. Paderborn 1853 ULB Münster, Google, Michigan
Drei merkwürdige Capellen Westfalens : zu Paderborn, Externstein und Drüggelte. Paderborn 1854 UB Paderborn, ULB Münster, Google
Westphalia sancta pia beata: sive, Vitae eorum, qui sanctitate sua ... 1855 Google
Die Giefers'sche Hypothese über den Ort der Varianischen Niederlage vertheidigt von ihrem Verfasser in einem offenen Sendschreiben an die Bekämpfer derselben, die Herren E. M. Essellen, und L. Reinking. Paderborn 1855 ULB Münster, MDZ München
Geschichte der Wefelsburg und des Bischofs Theodor von Fürstenberg „Memorial-Büchlein“ Paderborn 1855 MDZ München; ULB Düsseldorf
Über den Altar-Kelch : Im Anhange eine Beschreibung des neuen Liborius-Teppichs nebst Abbildung. 1856 ULB Münster, MDZ München
Praktische Erfahrungen der Erhaltung, Ausschmückung, Ausstattung der Kirchen betreffend : zunächst für den Clerus der Diöcese Paderborn. Paderborn 1858 ULB Münster, 3. Aufl. 1869 ULB Münster, 4. Aufl. 1869 ULB Münster, 5. Aufl. 1873 ULB Münster
Die neuesten Schriften über die Varusschlacht und das Castell. 1863 Google, MDZ München
Scheidewasser oder sicheres Prüfungsmittel der Wahrheit in Sachen Andreae contra S. Patroclum. Paderborn 1865 ULB Münster
Das Ungarische Fluchformular und das Leben der h. Jungfrau Synoris nach Baronius und Andreä. 1866 Google
Paderborn und seine Feldmark. In: Beiträge zur Geschichte Westfalens, S. 22–35, Paderborn 1866 ULB Münster
Ueber die Irmensäule. In: Beiträge zur Geschichte Westfalens, S. 35–46, Paderborn 1866 ULB Münster
Die Externsteine im Fürstenthum Lippe. Münster 1867 ULB Münster
Römerspuren an der Lippe, aufgedeckt von den Herren Fr. W. Schmidt, Frh. von Zuydturyck, L. Hölzermann und Fr. Hülsenbeck. Beleuchtet von Wilhelm Engelbert Giefers. Paderborn 1868 ULB Münster
Der Badeort Driburg und dessen nähere und weitere Umgebung. Höxter 1877 ULB Münster
Topographisch-historische Darstellung der Stadt Brakel und ihrer Feldmark. Salzkotten 1877 ULB Münster
Zur Ehrenrettung des Jesuiten Nicolaus Schaten. 1880 ULB Münster
Die Silberarbeiten des Warburger Meisters Anton Eisenhoit nebst einem Blicke auf die älteste Geschichte seiner Vaterstadt, Warburg. 1880 ULB Münster, Internet Archive = Google-USA*
Ueber das templum Tansanae und die Irmensul. Band 8 (1845), S. 261–285
Über die Germania des Cornelius Tactius und die Geographie des Claudius Ptolomäus, als Hauptquellen der Geographie des alten Germaniens. Band 13 (1852), S. 190
Kurze Geschicht der Hinnenburg. Band 14 (1853), S.355
Ueber die Varianische Niederlage. Band 15 (1854), S. 329–400
Über das Castell Aliso. Band 17 (1856), S. 1–64
Geschichte der Burg und Herrschaft Wevelsburg. Band 22 (1862), S. 330–358
Kirchen der Diöcese Paderborn. Band 23 (1863), S. 315–329
Die Externsteine im Fürstenthum Lippe. Band 27 (1867) S. 1–104
Geschichte der Stadt Brakel. Band 28 (1869), S. 197–308
Beiträge zur Geschichte der Stadt Beverungen. Band 29 (1871), S. 1–52
Zur Geschichte der Stadt Lügde. Band 29 (1871), S. S. 139–192
Die Anfänge der Stadt Warburg. Band 31 (1871), S. 189–206
Die Anfänge der Burg und Stadt Dringenberg. Band 32 (1874), S. 61–116
Die „Ellenden-Bruderschaft" zu Paderborn. Band 35 (1877), S. 153–170
Der Badeort Driburg. Band 36 (1878), S. 3–25
Eresburg, Irmensäule, Bullerborn. Band 36 (1878), S. 134–163.
Beiträge zur Geschichte der Herren von Brakel. Band 37 (1879), S. 91–165
Bemerkungen und Nachträge zum „Westfälischen Urkundenbuche“. Band 37 (1879), S. 166–211
Bemerkungen zur ersten Hälfte des IV. Bandes des Westfälischen Urkundenbuches. Band 38 (1880), S. 103–202
Eine „sehr verdächtige Urkunde“ des Kaisers Heinrich IV. Aus dem Jahre 1097. Band 38 (1880), S. 203–208
Copiarium Gerdense. Band 39 (1881), S. 3–45
Die Anfänge der Städte Borgentreich, Borgholz, Peckelsheim. Band 39 (1881), S. 164–180
Konrad Mertens: Wilhelm Engelbert Giefers, eine biographische Skizze. In: Zeitschrift für vaterländische Geschichte und Altertumskunde. Band 39 (1881), S. 181–191 Internet Archive