Cádiz kehrte Baucke 1769 in seine deutsche Heimat zurück, lebte nach Aufhebung der Gesellschaft Jesu 1773 mehrere Jahre zu Neuhaus in Böhmen und starb um 1780. Den Aufforderungen lieber Freunde folgend, schrieb er seine sehr interessanten Missionserinnerungen nieder und gedachte dieselben auch im Druck herauszugeben, fand aber für das allzu umfangreiche Manuskript keinen Verleger.
Als Hausfreund des Cistercienserstiftes Zwettl in Nierderösterreich übergab er seine Handschrift dem dortigen Prior, P. Plazidus Assem, der sie mit vielem Fleiße niedlich abschrieb und von Baucke selbst wieder nachsehen und verbessern ließ. Diese Abschrift (die Originalabschrift Bauckes ist, wie es scheint, verloren gegangen) befindet sich heute noch in der Handschriftensammlung (Nr 421 und 422) des Stiftes Zwettl. Sie umfaßt zwei starke Quartbände von zusammen 1046 Seiten und trägt den Titel: „Hin und her, hin süße und vergnügt, her bitter und betrübt; das ist: Treu gegebene Nachricht durch einen im Jahre 1748 aus Europa in West-Amerika, nahmentlich in die Provinz Paraguay abreisenden und im Jahre 1769 nach Europa zurückkehrenden Missionarium, in welcher er besonders seinen in der Provinz Gran Chaco, unter denen Indianern, Mocobier oder so genannten Guaycuru, achtzehnjährigen Aufenthalt, seine Arbeiten, benannter Indianer Heiden- und Christenthum, Zurückreise in Europa, wie auch des Landes Witterung, Erdreich, Gewässer, Früchte, Wälder, Thiere, Vögel, Fische, kriechende und fliegende Ungeziefer, sammt anderen fremden und artigen Beschaffenheiten erzählet, mit verschiedenen Kupfern untermenget, in sechs Theile zergliedert.“
Die von Bauckes Hand stammenden, zum Teil kolorierten Handzeichnungen sind den zwei Bänden beigebunden. Der Rest wird zugleich mit einigen Kleinigkeiten, z. B. Fischgräten, mit denen die Mokobier sich zur Ader lassen, in der Bibliothek des Stiftes aufbewahrt. 1829 gab einer der Stiftsherren, P. Johann Frast, ein Büchlein heraus unter dem Titel:
„Pater Florian Pauke’s Reise in die Missionen nach Paraguay, und Geschichte der Missionen St. Xaver und St. Peter.
Augustin Bringmann: P. Florian Baucke, ein deutscher Missionär in Paraguay (1749 - 1768). Herdersche Verlagshandlung, Freiburg im Breisgau 1908, Seite IV. Digitale Volltext-Ausgabe bei Wikisource, URL: https://de.wikisource.org/w/index.php?title=Seite:P._Florian_Baucke,_ein_deutscher_Mission%C3%A4r_in_Paraguay_(1749_-_1768).pdf/12&oldid=- (Version vom 30.6.2018)
