Kritische Geschichte der Entstehung und der Schicksale der ersten Baslerkonfession und der auf sie gegründeten Kirchenlehre nebst Beilagen, Basel 1827, 2. Auflage 1857
Predigten, 9 Bände, Basel 1830-1875
K. R. Hagenbach’s Encyklopädie und Methodologie der theologischen Wissenschaften, 1833 Google, mehrere Neuauflagen (Ausgabe 1869: Michigan
Erinnerungen an Äneas Sylvius Piccolomini (Papst Pius II.). Rectoratsrede gehalten den 24. September 1840, Basel [1840] MDZ München
Lehrbuch der Dogmengeschichte, 1840, 3. Aufl. Leipzig 1853 Google, weitere Auflagen
Jakob Sarasin und seine Freunde. Ein Beitrag zur Litteraturgeschichte, 1846 Google
Leitfaden zum christlichen Religionsunterricht an höheren Gymnasien, Leipzig 1850, zahlreiche Neuauflagen
Wilhelm Martin Leberecht de Wette. Eine akademische Gedächtnisrede mit Anmerkungen und Beilagen, Basel 1850
Über die sogenannte Vermittlungstheologie. Zur Abwehr und Verständigung (Sonderdruck aus dem Kirchenblatt für die reformierte Schweiz), 1858
Johann Oekolampad und Oswald Myconius (= Leben und ausgewählte Schriften der Väter und Begründer der Reformirten Kirche; 2), Elberfeld 1859 Google, Google
Die theologische Schule Basels und ihre Lehrer von 1460 bis 1849, Basel 1860 Google
Grundlinien der Liturgik und Homiletik, Leipzig 1863 Google
Über Ziel und Richtpunkte der heutigen Theologie. Drei Vorträge (Sonderdruck aus dem Kirchenblatt für die reformierte Schweiz), 1867
Über Glauben und Unglauben. Zwei Vorlesungen (Sonderdruck aus dem Volksblatt für die reformierte Kirche der Schweiz), 1872
Ein Vermächtniss Hagenbachs (Sonderdruck aus dem Volksblatt für die reformirte Kirche der Schweiz), 1874, darin:
Mein Glaubensbekenntnis in nuce
Meine Stellung zu den theologischen Parteien
100 Räthsel (Nach seinem Tode herausgegeben zu Gunsten des schweizerisch protestantisch kirchlichen Hilfsvereins), im Verlag von Ferdinand Riehm, Basel, 1875, 88 Seiten
