Disputatio theologica de Baptismi Sacramento Photinianis erroribus oppos. 1618
Principia theologiae fanaticae, quam Theophrastus Paracelsus genuit, Weigelius interpolavit… Pro Impetrando gradu in theologiae summe Valentino Legdaeo. 1619
Examen errorum Photinianorum ex verbo Dei institutum. 1620
Canones logici, … Nunc vero secundum editi. 1621
Christliche Betrachtung der neuen Paracelsischen u. Weigelianischen Theologie. 1622
Epitome credendorum oder Inhalt christlicher Lehre. 1625 u. ö. (auch holl., schwed., poln. u. lat.; Neudr. 1844)
Diaskepsis theologica de fundamentali dissensu doctrinae Evangelicae-Lutheranae et Calvinianae seu Reformatae. Cum praemissa consideratione Calvinianae Dordrechtana Synodo proditae. 1626
Außführlicher Bericht Von Der Newen Prophepheten/ (die sich Erleuchtete/ Gottesgelehrte/ und Theosophos nennen) Religion/ Lehr unnd Glauben/ damit der Satan die Kirche Gottes auffs newe zu verunruhigen sich unterstehet: Zu Nothwendiger offenbarung der gefährlichen Verführung/ unnd trewhertzigen Warnung/ daß sich alle/ die ihnen ihrer Seelen ewige Wolfarth lieb sein lassen/ dafür auffs fleissigste fürsehen: Auch gründlicher widerlegung ihrer vielfältigen schädlichen Irrthumb/ Gestellet durch Das Predigampt der Christlichen Gemein zu Lübeck/ Hamburg/ und Lüneburg. Embs/Schmalhertz, Lübeck 1634
Ludwig Heller: Nikolaus Hunnius. Sein Leben und Wirken; ein Beitrag zur Kirchengeschichte des siebzehnten Jahrhunderts, größtentheils nach handschriftlichen Quellen. Lübeck: Rohden 1843 Google = MDZ München
Bernhart Jähnig: Der Lübecker Superintendent Nikolaus Hunnius und seine Beziehungen zur Stadt Reval, in: Rolf Hammel-Kiesow, Stuart Jenks: Das Gedächtnis der Hansestadt Lübeck. Festschrift für Antjekathrin Graßmann zum 65. Geburtstag, Lübeck 2005, S. 341–349
