Regesta diplomatica necnon epistolaria historiae Thuringiae, 4 Bde., Jena 1896-1939 Thulb Jena
Margarete von Hohenstaufen, die Stammutter der Wettiner. I (1236-1265). Festschrift des Gymnasiums zur Erinnerung an die Erhebung des Herzogtums S.-Weimar zum Großherzogtum (= Beilage zum Jahresberichte des Großh. Gymnasiums in Jena), Neuenhahn, Jena 1915. ULB Düsseldorf
Die Schlacht bei Mühldorf und über das Fragment einer österreichischen Chronik. Verlag der Wagner’schen Universitäts-Buchhandlung, Innsbruck 1883 (= Dissertation, Universität Jena, 1883). UB Eichstätt
Aufsätze
Eine Urkunde des Königs Wilhelm vom Jahre 1252, in: Neues Archiv der Gesellschaft für ältere deutsche Geschichtskunde Bd. 49 (1932), S. 201–202.
Ein Kaisertraum des Hauses Wettin, in: Festschrift für Armin Tille zum 60. Geburtstag, Weimar 1930, S. 17–38.
Ein Versuch, Thüringen um das Jahr 1277 zu einem Reichslande zu machen, in: Mitteilungen des Vereins für Geschichte und Altertumskunde von Erfurt Bd. 46 (1930), S. 19–31.
Die Vermählung des Landgrafen Ludwig IV. mit Elisabeth von Ungarn, in: Wartburgstimmen Bd. 1, 2 (1903), S. 169ff.
Chorherrenstift und Kommende Porstendorf, in: "Zeitschrift des Vereins für Thüringische Geschichte und Altertumskunde" Bd. 21 (1902/03), S. 363–372.
Der Sturz des Markgrafen Poppo von der Sorbenmark, in: "Zeitschrift des Vereins für Thüringische Geschichte und Altertumskunde" Bd. 17 (1893/95), S. 370–374, 389.
Hat es in Thüringen einen Gau Winidon gegeben?, in: Zeitschrift des Vereins für Thüringische Geschichte und Altertumskunde Bd. 15 (1890/91), S. 223–225.
Über Ursprung und Bedeutung der thüringischen Landgrafschaft, in: Zeitschrift des Vereins für Thüringische Geschichte und Altertumskunde Bd. 15 (1890/91) S. 299–334.
Die älteste Frankenhäuser Salzordnung 1493 Nov. 30 und das Memoriale I, in: Zeitschrift des Vereins für Thüringische Geschichte und Altertumskunde Bd. 14 (1888/89), S. 503–519.
Nachträge zu den Berichtigungen zu "B. Schmidt, Urkundenbuch der Vögte von Weida, Gera und Plauen, sowie ihrer Hausklöster Mildenfurth, Cronschwitz, Weida und z. H. Kreuz bei Saalburg" 1. Bd. 1122-1356, in: Zeitschrift des Vereins für Thüringische Geschichte und Altertumskunde Bd. 13 (1886/87), S. 137–140, 343–351.
"Berichtigungen und Zusätze zu "C. A. H. Burkhardt, Urkundenbuch der Stadt Arnstadt", in: Zeitschrift des Vereins für Thüringische Geschichte und Altertumskunde Bd. 13 (1886/87), S. 140–149, 352–355.
Die Bedeutung der Thüringischen Geschichte und der gegenwärtige Stand ihrer Erforschung, in: Zeitschrift des Vereins für Thüringische Geschichte und Altertumskunde Bd. 13 (1886/87), S. 155–178.
Die Schlacht bei Mühldorf und über das Fragment einer österreichischen Chronik, in: Mitteilungen des Instituts für Österreichische Geschichtsforschung. Ergänzungs-Band Bd. 1 (1885), S. 163–219.
König Rudolfs I. Friedenspolitik in Thüringen, in: Zeitschrift des Vereins für Thüringische Geschichte und Altertumskunde Bd. 12 (1884/85), S. 529–560.
Berichtigungen und Zusätze zu "B. Schmidt, Urkundenbuch der Vögte von Weida, Gera und Plauen, sowie ihrer Hausklöster Mildenfurth, Cronschwitz, Weida und z. H. Kreuz bei Saalburg" 1. Bd. 1122-1356, in: Zeitschrift des Vereins für Thüringische Geschichte und Altertumskunde Bd. 12 (1884/85), S. 565–582.
Beiträge zur thüringischen und sächsischen Geschichte: Festschrift für Otto Dobenecker zum siebzigsten Geburtstage am 2. April 1929. Gustav Fischer, Jena 1929.
Georg Mentz: Nachruf Otto Dobenecker. In: Zeitschrift des Vereins für Thüringische Geschichte. Bd. 33 (1939), S. 1–6.
Hans Tümmler: Otto Dobenecker (1859–1938). Vater neuzeitlicher thüringischer Geschichtsforschung und bedeutender Schulmann. In: Zeitschrift des Vereins für Thüringische Geschichte. Bd. 47 (1993), S. 9–15
