Die Zeit des Ignatius und die Chronologie der antiochenischen Bischöfe bis Tyrannus; Leipzig: 1878 Internet Archive, Google@IA = Oxford (PDF)
Das Mönchthum, seine Ideale und seine Geschichte: Eine kirchenhistorische Vorlesung, Gießen: 1881 Internet Archive
Der angebliche Evangeliencommentar des Theophilus von Antiochien, Leipzig: 1883 Internet Archive
Edwin Hatch, Adolf Harnack (Übersetzer): Die Gesellschaftsverfassung der christlichen Kirchen im Alterthum. Acht Vorlesungen von Edwin Hatch. Ricker, Gießen 1883; Internet Archive.
Die Acta Archelai und das Diatessaron Tatians, Leipzig: 1883 Internet Archive
Das Wesen des Christentums. Sechzehn Vorlesungen vor Studierenden aller Fakultäten im Wintersemester 1899/1900 an der Universität Berlin, Leipzig: J.C. Hinrichs, 1900 (und viele Folgeauflagen. Letzte von von Harnack betreute Ausgabe: 1929 [72. Tausend]) Internet Archive, 2. Auflage 1900; Ergänzende Anmerkungen Harnacks: Internet Archive, 1908.
Die Aufgabe der theologischen Facultäten und die allgemeine Religionsgeschichte, Gießen 1901 Internet Archive
Ius Ecclesiasicum: Eine Untersuchung über den Ursprung des Begriffs. In: Sitzungsberichte der königlich preußischen Akademie der Wissenschaften, Jg. 1903, Berlin 1903, S. 212–226; Internet Archive.
Über die Herkunft der 48(47) ersten Päpste. Sitzungsbericht der königlichen preußischen Akademie der Wissenschaften 1904, Sitzung der philososophisch-historischen Classe, Verlag der Königlichen Akademie der Wissenschaften 1904, S. 1044–1062; Internet Archive.
Militia Christi. Die christliche Religion und der Soldatenstand in den ersten drei Jahrhunderten, Tübingen: 1905 Internet Archive
Lukas der Arzt. Der Verfasser des dritten Evangeliums und der Apostelgeschichte, Leipzig 1906 Internet Archive
Kirche und Staat bis zur Gründung der Staatskirche. In Paul Hinneberg (Hrsg.): Die christliche Religion mit Einschluss der israelitisch-jüdischen Religion. Teubner, Berlin/Leipzig 1906, S. 129–160; Internet Archive.
Die Mission und Ausbreitung des Christentums in den ersten drei Jahrhunderten Leipzig, 2 Bde.
Entstehung und Entwickelung der Kirchenverfassung und des Kirchenrechts in den zwei ersten Jahrhunderten. Nebst einer Kritik der Abhandlung R. Sohm's 'Wesen und Ursprung des Katholizismus' und Untersuchungen über 'Evangelium', 'Wort Gottes', und das trinitarische Bekenntnis, Leipzig: 1910 Internet Archive
Aus Wissenschaft und Leben, Leipzig, Bd. 1., 1911 Internet Archive
Zur Textkritik und Christologie der Schriften des Johannes, zugleich ein Beitrag zur Würdigung der ältesten lateinischen Überlieferung und der Vulgata. In: Sitzungsberichte der königlichen preußischen Akademie, 1915, Sitzungsberichte der philosophisch-historischen Klasse, S. 543–573; Internet Archive.
Marcion. Das Evangelium vom fremden Gott, Leipzig 1921; 2. Aufl. 1924: E-Text ; Internet Archive
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Georg Roch: Die Schrift des alexandrinischen Bischofs Dionysius des Grossen „über die Natur“ (Leipzig 1882). 8. Jahrgang (1883), S. 37–39 UB Tübingen
Franz Klasen: Die innere Entwicklung des Pelagianismus (Freiburg 1882). 8. Jahrgang (1883), S. 40f. UB Tübingen
Richard Adelbert Lipsius: Die apokryphen Apostelgeschichten und Apostellegenden (Braunschweig 1883). 8. Jahrgang (1883), S. 49–52 UB Tübingen
Georg Benedikt Winer: Comparative Darstellung des Lehrbegriffs der verschiedenen christlichen Kirchenparteien (Leipzig 1882). 8. Jahrgang (1883), S. 68 UB Tübingen
Albrecht Ritschl: Die christliche Lehre von der Rechtfertigung und Versöhnung 1–2 (Bonn ²1882). 8. Jahrgang (1883), S. 81–84 UB Tübingen
Die deutsche Universität Dorpat im Lichte der Geschichte und der Gegenwart (Leipzig ³1882). 8. Jahrgang (1883), S. 89f. UB Tübingen
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Andreas Brüll: Der Hirt des Hermas (Freiburg 1882). 8. Jahrgang (1883), S. 100 UB Tübingen
Heinrich Kihn: Der Ursprung des Briefes an Diognet (Freiburg 1882). 8. Jahrgang (1883), S. 100–102 UB Tübingen
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