Über Bildung des Eichens und Entstehung des Embryo’s bei den Phanerogamen. 1837 Google
Herr Dr. Justus Liebig in Giessen und die Pflanzenphysiologie. Wilh. Engelmann, Leipzig 1842 Google
Grundzüge der Wissenschaftlichen Botanik nebst einer Methodologischen Einleitung als Anleitung zum Studium der Pflanze. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1842–1843
Grundzüge der Wissenschaftlichen Botanik nebst einer Methodologischen Einleitung als Anleitung zum Studium der Pflanze (= Die Botanik als inductive Wissenschaft behandelt.). 2. umgearbeitete Auflage. Leipzig 1845–1846
Principles of Scientific Botany; Or, Botany as an Inductive Science. Übersetzung von Edwin Lankester. Longman, Brown, Green & Longmans, London 1849 Google
Beiträge zur Botanik. Aufsätze. Wilh. Engelmann, Leipzig 1844
The Plant; A Biography. In a Series of Popular Lectures. Übersetzung von Arthur Henfrey. Hippolyte Bailliere, London 1848 Google
The Vegetable World; A Popular Exposition of The Science of Botany, and its Relations to Man. Amerikanische Erstausgabe nach Henfrey. Herausgegeben von Alphonso Wood. Moore, Anderson, Wilstach & Keys [u. a.], Cincinnati / New York 1853 Google
La plante et sa vie. Leçons populaires de botanique a l’usage des gens du monde. Übersetzung von Scheidweiler u. P. Royer nach der 5. Auflage. Schulz & Thuillié / Aug. Schnée, Paris / Bruxelles 1859
Handbuch der Medicinisch-pharmaceutischen Botanik und Botanischen Pharmacognosie. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1852–1857
Studien. Populäre Vorträge. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1855 Google
(mit E. E. Schmid) Ueber die Natur der Kieselhölzer. Friedrich Mauke, Jena 1855 Gallica
Gedichte von Ernst. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1858 [anonym]Google
Gedichte von Ernst. Zweite Sammlung. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1873 Google
Die Landenge von Suês. Zur Beurtheilung des Canalprojects und des Auszugs der Israeliten aus Aegypten. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1858 Oxford
Geschichte der Botanik in Jena (= Album des pädagogischen Seminars an der Universität Jena. II). Prorectoratsrede. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1859 Google
Zur Theorie des Erkennens durch den Gesichtssinn. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1861 Google
Das Alter des Menschengeschlechts, die Entstehung der Arten und die Stellung des Menschen in der Natur. Vorträge. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1863 Deutsches Textarchiv, Google
Ueber den Materialismus der neueren deutschen Naturwissenschaft, sein Wesen und seine Geschichte. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1863 Google, Google
M. J. Schleiden über den Materialismus. Zur Kritik der Schrift: Ueber den Materialismus der neueren deutschen Naturwissenschaft, sein Wesen und seine Geschichte. Sonderabdruck.
Das Salz. Seine Geschichte, seine Symbolik und seine Bedeutung im Menschenleben. Eine monographische Skizze. Wilhelm Engelmann, Leipzig 1875 Oxford, Internet Archive, MDZ München
Die Bedeutung der Juden für Erhaltung und Widerbelebung der Wissenschaften im Mittelalter. Sonderabdruck.
Einige Bemerkungen über den vegetabilischen Faserstoff und sein Verhältniß zum Stärkemehl. In: Annalen der Physik und Chemie. Band 119, Joh. Ambr. Barth, Leipzig 1838, S. 391 Quellen
mit Th. Vogel: Ueber das Amyloid, eine neue Pflanzensubstanz. In: Annalen der Physik und Chemie. Band 122, Joh. Ambr. Barth, Leipzig 1839, S. 327 Quellen
mit E. E. Schmid: Ueber die Vegetation der Futterwicke. In: Annalen der Physik und Chemie. Band 147, Joh. Ambr. Barth, Leipzig 1847, S. 138 Quellen
Karl Frh. v. Reichenbach: Odische Erwiederungen an die Herren Professoren Fortlage, Schleiden, Fechner und Hofrath Carus. Wilhelm Braumüller, Wien 1856 MDZ München = Google
Matthias Schleiden (= Meyer’s Groschen-Bibliothek der Deutschen Classiker für alle Stände. Bd. 327). Biographischer Umriß. Hildburghausen / New York [ca. 1871] Google