Philosophie der Griechen. Eine Untersuchung über Charakter, Gang und Hauptmomente ihrer Entwicklung, Tübingen 1844–1852 [spätere Auflagen sind mit verändertem Titel erschienen:]Die Philosophie der Griechen in ihrer geschichtlichen Entwicklung
Erster Theil: Allgemeine Einleitung. Vorsokratische Philosophie
englische Übersetzung: The contents and origin of the Acts of the Apostles. Critically investigated, übers. von Joseph Dare, Bd. 1: London 1875 Internet Archive, Bd. 2: London 1876 Internet Archive
[Anonym], Die Tübinger historische Schule, 1860
Entwickelung des Monotheismus bei den Griechen. Ein Vortrag, Stuttgart 1862 Google = Internet Archive
Religion und Philosophie bei den Römern (Sammlung gemeinverständlicher wissenschaftlicher Vorträge, 24), Berlin 1866 Google = Internet Archive, Google, Google
Die päpstliche Unfehlbarkeit und die Säcularisation des Kirchenstaats, Berlin 1871 UB Tübingen
Staat und Kirche. Vorlesungen an der Universität zu Berlin gehalten, Leipzig 1873 Google = Internet Archive
Über den wissenschaftlichen Unterricht bei den Griechen. Rede beim Antritt des Rektorats an der Friedrich-Wilhelm-Universität, 1878
Ueber akademisches Lehren und Lernen. Rede zur Gedächtnisfeier der Friedrich-Wilhelm-Universität zu Berlin gehalten am 3. August 1879, Berlin 1879 Google, Internet Archive
Die freie Kirche im freien Staat, Berlin [u. a.] 1880 UB Tübingen
Band 2: Die Christliche Kirche vom Anfang des vierten bis zum Ende des sechsten Jahrhunderts in den Hauptmomenten ihrer Entwicklung, Tübingen 1859 Google = Internet Archive, 2. Aufl. Tübingen 1863 Google, MDZ München
Band 3: Die Geschichte der Christlichen Kirche des Mittelalters in den Hauptmomenten ihrer Entwicklung, Tübingen 1861 Google = Internet Archive, Google, Google
Band 4: Kirchengeschichte der Neueren Zeit, von der Reformation bis zum Ende des Achtzehnten Jahrhunderts, Tübingen 1863 Google = Internet Archive
Band 5: Kirchengeschichte des Neunzehnten Jahrhunderts, Tübingen 1862 Google = Internet Archive
Johann Gottlieb Fichte als Politiker, in: Historische Zeitschrift, Bd. 4 (1860), S. 1–35 Internet Archive
Christian Baur und die Tübinger Schule, Zeitschriftenaufsatz 1861
franz. Übers.: Christian Baur et l’école de Tubingue / par Edouard Zeller. Traduit de l’allemand par Charles Ritter, Baillière, Paris 1883 Michigan-USA*
Zur Würdigung der Ritschl’schen „Erläuterungen“, in: Historische Zeitschrift, Bd. 8 (1862), S. 100–116 Internet Archive
Strauß und Renan, in: Historische Zeitschrift, Bd. 12 (1864), S. 70–133 Google
englische Übersetzung: Strauss and Renan. An essay, 1866 Michigan
Lessing als Theolog, in: Historische Zeitschrift, Bd. 23 (1870), S. 343–383 Internet Archive
Schleiermacher in der ersten Hälfte seines Lebens, in: Historische Zeitschrift, Bd. 25 (1871), S. 49–65 Internet Archive
Die Geschichte der Philosophie, ihre Ziele und Wege, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 1 (1888), S. 1–10 Internet Archive
Zu Aristippus, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 1 (1888), S. 172–177 Internet Archive
Ήγεμονία und δεσποτεία bei Xenophanes, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 2 (1889), S. 1–4 Internet Archive
Die Abfassungszeit des platonischen Theätet, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 4 (1891), S. 189–214 Internet Archive
Plato’s Mittheilungen über frühere und gleichzeitige Philosophen, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 5 (1892), S. 165–184 Internet Archive
Noch ein Wort über die Abfassungszeit des platonischen Theätet, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 5 (1892), S. 289–301 Internet Archive
Miscellanea, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 5 (1892), S. 441–448 Internet Archive
Ammonius Sakkas und Plotinus, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 7 (1894), S. 295–312 Internet Archive
Zu Anaxagoras, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 8 (1895), S. 151–152 Internet Archive
Sprachstatistisches, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 11 (1898), S. 1–12 Internet Archive
Die deutsche Litteratur über die sokratische, platonische und aristotelische Philosophie. 1895. Zweiter Artikel. Plato; Schluss, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 11 (1898), S. 153–166 Internet Archive
Die deutsche Litteratur über die sokratische, platonische und aristotelische Philosophie. 1895. Dritter Artikel. 3. Aristoteles und seine Schule, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 11 (1898), S. 435–456 Internet Archive
Die deutsche Litteratur über die sokratische, platonische und aristotelische Philosophie. 1896. Erster Artikel: umfassendere Werke, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 12 (1899), S. 226–252 Internet Archive
Ueber den Einfluss des Gefühls auf die Thätigkeit der Phantasie, in: Philosophische Abhandlungen. Christoph Sigwart zu seinem siebzigsten Geburtstage 28. März 1900, Tübingen 1900, S. 203–216 Internet Archive
Die deutsche Litteratur über die sokratische, platonische und aristotelische Philosophie. 1896. Zweiter Artikel: Sokrates und Plato, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 13 (1900), S. 272–303 Internet Archive
Die deutsche Litteratur über die sokratische, platonische und aristotelische Philosophie. 1896. Dritter Artikel: Aristoteles, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 13 (1900), S. 597–620 Internet Archive
Zu Leucippus, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 15 (1902), S. 137–140 Internet Archive
Marcus Jacob Monrad: De vi logicae rationis in describenda philosophiae historia, ad Ed. Zellerum epistola, Christianiae 1860 MDZ München, Norwegische Nationalbibliothek
H. Jacoby: Zeller’s neue philosophische und historische Abhandlungen, in: Die Grenzboten 37 (1878), I. Semester, 1. Band, S. 210–223 SUUB Bremen
Christoph von Sigwart: Vorfragen der Ethik. Herrn Eduard Zeller als Festschrift zur Feier seines 50jährigen Doctorjubiläums am 25. August 1886. Mohr, Freiburg i. Br. 1886 siehe Autorenseite
Ludwig Stein: Eduard Zeller †, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 21 (1908), S. 289–295 Internet Archive
Friedrich Wiegand: Eduard Zellers Berufung nach Marburg und August Vilmar, in: Historische Zeitschrift, Bd. 105 (1910), S. 285–295 Indiana-USA*, Michigan-USA*
Vademecum Philosophicum, darin die kürzlich erworbenen Bibliotheken: W. Diltheys, Otto Liebmann, W. Münch, K. Lasswitz, G. Thiele, und Bücher aus den früher erworbenen Bibliotheken: Max Heinze, Eduard Zeller, H. Ebbinghaus, Jac. Freudenthal, Ed. von Hartmann, Th. Vogt, G. und O. Frick, Leipzig 1913 Bibliotheken von Philosophen
