Philosophie der Griechen. Eine Untersuchung über Charakter, Gang und Hauptmomente ihrer Entwicklung, Tübingen 1844–1852 [spätere Auflagen sind mit verändertem Titel erschienen:]Die Philosophie der Griechen in ihrer geschichtlichen Entwicklung
Erster Theil: Allgemeine Einleitung. Vorsokratische Philosophie
englische Übersetzung: The contents and origin of the Acts of the Apostles. Critically investigated, übers. von Joseph Dare, Bd. 1: London 1875 InternetArchive, Bd. 2: London 1876 InternetArchive
[Anonym], Die Tübinger historische Schule, 1860
Entwickelung des Monotheismus bei den Griechen. Ein Vortrag, Stuttgart 1862 Google = InternetArchive
Religion und Philosophie bei den Römern (Sammlung gemeinverständlicher wissenschaftlicher Vorträge, 24), Berlin 1866 Google = InternetArchive, Google, Google
Die päpstliche Unfehlbarkeit und die Säcularisation des Kirchenstaats, Berlin 1871 UB Tübingen
Staat und Kirche. Vorlesungen an der Universität zu Berlin gehalten, Leipzig 1873 Google = InternetArchive
Über den wissenschaftlichen Unterricht bei den Griechen. Rede beim Antritt des Rektorats an der Friedrich-Wilhelm-Universität, 1878
Ueber akademisches Lehren und Lernen. Rede zur Gedächtnisfeier der Friedrich-Wilhelm-Universität zu Berlin gehalten am 3. August 1879, Berlin 1879 Google, InternetArchive
Die freie Kirche im freien Staat, Berlin [u. a.] 1880 UB Tübingen
Band 2: Die Christliche Kirche vom Anfang des vierten bis zum Ende des sechsten Jahrhunderts in den Hauptmomenten ihrer Entwicklung, Tübingen 1859 Google = InternetArchive, 2. Aufl. Tübingen 1863 Google, MDZ München
Band 3: Die Geschichte der Christlichen Kirche des Mittelalters in den Hauptmomenten ihrer Entwicklung, Tübingen 1861 Google = InternetArchive, Google, Google
Band 4: Kirchengeschichte der Neueren Zeit, von der Reformation bis zum Ende des Achtzehnten Jahrhunderts, Tübingen 1863 Google = InternetArchive
Band 5: Kirchengeschichte des Neunzehnten Jahrhunderts, Tübingen 1862 Google = InternetArchive
Johann Gottlieb Fichte als Politiker, in: Historische Zeitschrift, Bd. 4 (1860), S. 1–35 InternetArchive
Christian Baur und die Tübinger Schule, Zeitschriftenaufsatz 1861
franz. Übers.: Christian Baur et l’école de Tubingue / par Edouard Zeller. Traduit de l’allemand par Charles Ritter, Baillière, Paris 1883 Michigan
Zur Würdigung der Ritschl’schen „Erläuterungen“, in: Historische Zeitschrift, Bd. 8 (1862), S. 100–116 InternetArchive
Strauß und Renan, in: Historische Zeitschrift, Bd. 12 (1864), S. 70–133 Google
englische Übersetzung: Strauss and Renan. An essay, 1866 Michigan
Lessing als Theolog, in: Historische Zeitschrift, Bd. 23 (1870), S. 343–383 InternetArchive
Schleiermacher in der ersten Hälfte seines Lebens, in: Historische Zeitschrift, Bd. 25 (1871), S. 49–65 InternetArchive
Die Geschichte der Philosophie, ihre Ziele und Wege, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 1 (1888), S. 1–10 InternetArchive
Zu Aristippus, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 1 (1888), S. 172–177 InternetArchive
Ήγεμονία und δεσποτεία bei Xenophanes, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 2 (1889), S. 1–4 InternetArchive
Die Abfassungszeit des platonischen Theätet, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 4 (1891), S. 189–214 InternetArchive
Plato’s Mittheilungen über frühere und gleichzeitige Philosophen, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 5 (1892), S. 165–184 InternetArchive
Noch ein Wort über die Abfassungszeit des platonischen Theätet, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 5 (1892), S. 289–301 InternetArchive
Miscellanea, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 5 (1892), S. 441–448 InternetArchive
Ammonius Sakkas und Plotinus, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 7 (1894), S. 295–312 InternetArchive
Zu Anaxagoras, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 8 (1895), S. 151–152 InternetArchive
Sprachstatistisches, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 11 (1898), S. 1–12 InternetArchive
Die deutsche Litteratur über die sokratische, platonische und aristotelische Philosophie. 1895. Zweiter Artikel. Plato; Schluss, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 11 (1898), S. 153–166 InternetArchive
Die deutsche Litteratur über die sokratische, platonische und aristotelische Philosophie. 1895. Dritter Artikel. 3. Aristoteles und seine Schule, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 11 (1898), S. 435–456 InternetArchive
Die deutsche Litteratur über die sokratische, platonische und aristotelische Philosophie. 1896. Erster Artikel: umfassendere Werke, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 12 (1899), S. 226–252 InternetArchive
Ueber den Einfluss des Gefühls auf die Thätigkeit der Phantasie, in: Philosophische Abhandlungen. Christoph Sigwart zu seinem siebzigsten Geburtstage 28. März 1900, Tübingen 1900, S. 203–216 InternetArchive
Die deutsche Litteratur über die sokratische, platonische und aristotelische Philosophie. 1896. Zweiter Artikel: Sokrates und Plato, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 13 (1900), S. 272–303 InternetArchive
Die deutsche Litteratur über die sokratische, platonische und aristotelische Philosophie. 1896. Dritter Artikel: Aristoteles, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 13 (1900), S. 597–620 InternetArchive
Zu Leucippus, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 15 (1902), S. 137–140 InternetArchive
Marcus Jacob Monrad: De vi logicae rationis in describenda philosophiae historia, ad Ed. Zellerum epistola, Christianiae 1860 MDZ München, Norwegische Nationalbibliothek
H. Jacoby: Zeller’s neue philosophische und historische Abhandlungen, in: Die Grenzboten 37 (1878), I. Semester, 1. Band, S. 210–223 SUUB Bremen
Christoph von Sigwart: Vorfragen der Ethik. Herrn Eduard Zeller als Festschrift zur Feier seines 50jährigen Doctorjubiläums am 25. August 1886. Mohr, Freiburg i. Br. 1886 siehe Autorenseite
Ludwig Stein: Eduard Zeller †, in: Archiv für Geschichte der Philosophie, Bd. 21 (1908), S. 289–295 InternetArchive
Friedrich Wiegand: Eduard Zellers Berufung nach Marburg und August Vilmar, in: Historische Zeitschrift, Bd. 105 (1910), S. 285–295 Indiana-USA*, Michigan-USA*
Vademecum Philosophicum, darin die kürzlich erworbenen Bibliotheken: W. Diltheys, Otto Liebmann, W. Münch, K. Lasswitz, G. Thiele, und Bücher aus den früher erworbenen Bibliotheken: Max Heinze, Eduard Zeller, H. Ebbinghaus, Jac. Freudenthal, Ed. von Hartmann, Th. Vogt, G. und O. Frick, Leipzig 1913 Bibliotheken von Philosophen